分子生物学 第一章 DNA结构.ppt

第二节 核酸的化学组成 嘧啶 Pyrimidines 嘌呤 Purines 一、 碱基、核苷、核苷酸 ☉ 碱基 Nitrogenous bases Uracil (U) ☉ 核苷（nucleotide） 糖苷键 Glycosidic bond 嘧啶的1位N原子、嘌呤的9位N原子 核糖是戊糖 RNA－核糖核苷 DNA－脱氧核糖核苷 1’ 9 ☉ 核苷酸（nucleotide acid） 核苷的磷酸酯 脱氧核糖核苷酸 核糖核苷酸 其中α和β、β和γ之间是高能磷酸键 α β γ dNTP 碱基＋戊糖＝核苷 核苷＋磷酸＝核苷酸 核糖核苷三磷酸缩写为NTP 二、DNA分子的一级结构 (DNA sequence) 1、 多聚核苷酸链 主链是核糖和磷酸 侧链为碱基 由3’,5’磷酸二酯键连接 2、 链的方向：同一个磷酸基的3’酯键到5’酯键的方向 (5’→3’) 5’-UCAGGCUA-3’ = UCAGGCUA 默认书写顺序5‘→3’ 3’ 5’ 3、一级结构的概念 指DNA分子中的核苷酸排列顺序。简称DNA序列或序列。 由于核苷酸之间的差异仅仅是碱基的不同，故可称为 碱基序列。 不同生物借此贮存遗传信息 决定DNA的二级结构和高级结构 第三节 DNA的二级结构 * 1953. Watsosn Crick 右手 B- DNA Double helix Model 一、 DNA双螺旋模型（double helix model） 每一单链具有 5’ 3’极性 两条单链极性相反 反向平行 两条单链间以氢键 连接 以中心为轴，向 右 盘 旋（直径2nm） 双螺旋中存在大/小沟 * 双螺旋的主链 磷酸二酯链 (Phosphodiester Backbone) C-G T-A 碱基互补 · 直径20? * 双螺旋模型参数 · 螺距为34?（任一条链 绕轴一周所升降的距离） · 每圈有10个核苷酸 （碱基） · 有大沟和小沟 配对碱基并不充满双 螺旋空间，且碱基对 占据的空间不对称 · 两个碱基之间的垂直 距离是3.4?。螺旋转 角是36度 Pitch 34 ? Rise 3.4 ? Width 20 ? Major Groove Minor Groove 10.4 bp/turn Twist 36° 二、 影响双螺旋结构稳定性的因素 l??氢键 (Hydrogen bond 4~6 kc / mol) 消除DNA单链上磷酸基团间的静电斥力 弱键, 可加热解链 氢键堆积, 有序排列(线性, 方向)? l?? 磷酸酯键 (phosphoester bond 80~90 kc / mol) l? 0.2 mol / L Na+ 生理盐条件 强键, 需酶促解链 * 维持稳定性的因素 l ?磷酸基团间的静电斥力? ? 碱基内能增加(温度), 使氢键因碱基排列有序 状态的破坏而减弱 * 不稳定因素 三、双螺旋结构的基本形式 · B-DNA 资料来自相对湿度为92％所得到的DNA钠盐纤维 · 此外人们还发现了A、C、D、E等右手双螺旋和左手双螺旋 Z构象等形式 DNA结构的多态性：几种不同的DNA双螺旋结构以及同 一种双螺旋结构内参数存在差异的现象。 A B Z Handedness Base Inclination A B Z 大沟宽 小沟窄 小沟窄 大沟变深 小沟宽浅 大沟不存在 小沟窄而深 反向重复序列与二级结构 反向重复序列（inverted repeats； IR） 又称回文序列（廻文）：指两段同样的核苷酸序列同时存 在于一个分子中，但具有相反的方向有时也有不完全相 同的情况。 RNA和DNA中都可能存在 此外还可有directed repeatitive sequence---正向重复序列 四、一些DNA序列的不寻常