微生物课件之MEGA使用.pptVIP

(1)利用该软件可得到不同树型，如下图所示： 除此之外，还可以有多种树型，根据需要来选择。 ２）显示建树的相关信息：点击图标i。 ３）点击优化图标，可进行各项优化： ?? Tree栏中，可以进行树型选择：rectangular tree/circle tree/radiation tree。每种树都可以进行长度，宽度或角度等的设定 “ ” “ ” 微生物分子进化及系统发育 山西大学 杨晓青 进化的分子基础 系统发育树 MEGA介绍 建树实例 构建进化树的意义 进化树：用来表示物种之间的进化关系，又称“系统树”、“系谱树”。根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。 意义：研究从单细胞有机体到多细胞有机体的生物进化过程，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。通过蛋白质的分子进化树分析，为从分子水平研究物种进化提供了新的手段，可以比较精确的确定某物种的进化地位。 构建进化树的基本步骤： 1、核酸序列的获取：数据库查询、测序 2、序列比对：BLAST、Clustal X、Clustal W2等。 3、进化树分析：MEGA、PAUP4.0 、Phylip 、NETWORK4.11 、SplitsTree4 、TCS1.8 等。 参考序列选择注意事项： 1、不选非培养(unclutured)微生物为参比； 2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。 3、 使用clustalx1.83进行序列比对 MEGA简要介绍 MEGA是有亚利桑那州立大学生命科学学院的Sudhir Kumar教授主持开发和维护的一款免费的构建进化树软件。 主要功能：序列比对、格式转换、数据修订、距离计算、系统树重建和可行度评估等全套功能，能对DNA、mRNA 、 氨基酸序列及遗传距离进行系统发生分析。 核酸序列的获取 保存文件并命名 XXXX AGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGAATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGG gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA…… 合并文件 点击File/load sequences，将整理好的*.txt序列文件导入clustalx1.83，如图 接着点击Alignment/Do Complete Aligment 程序自动运行，得出结果，自动输出*.aln 和* .dnd 为后缀的两个文件，并自动存入你*.txt文件所在的文件夹内。 序列比对也可以直接用MEGA来做。 4、运行程序MEGA 5.0，如下图所示： 点击：File导入Clustal程序得到的*.aln文件。再点File/Convert to MEGA Format，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选中Clustal 对比分析后所产生的*.aln文件，转换为*.meg文件。转换时一路确认相关界面。最后查看meg序列文件最后是否正常，命名新文件存盘保存*.meg文件，*.meg文件会和aln文件保存在上述*.txt同一个文件夹中。 5、 关闭转换窗口，回到主窗口，现在从File中打开刚才保存的*.meg文件。 如果为核酸序列，选择“Nucleotide sequence”，点击“OK”，得到以下图示。 选择默认的