蛋白组学和肿瘤标志物2009.ppt

Alpha-defensin 家族是由一组具有抗微生物、细胞毒、抗肿瘤活性的短肽组成,分为主要存在于中性粒细胞和肠 道Paneth 细胞中。 是一非肿瘤特异的，应激状态的蛋白。 “Serum/plasma proteomic patterns obtained by SELDI may not be reproducible and that the discriminatory peaks are not consistent within a group or among groups of investigators for the same type of cancer, even when the general analytical methods or datasets are the same.” Sample preparation for serum/plasma profiling and biomarker　identification by mass spectrometry　Journal of Chromatography A, 1153 (2007) 259–276 患者 血清样品 磁珠分离过程 数据分析 临床结果 * * * 疾病 正常 正常 Binding Washing Elution MALDI TOF检测 Clinprot 检测流程 健康人 液体芯片工作原理 ClinProt 磁珠试剂盒 疏水作用 MB-HIC 1 MB-HIC 3MB-HIC 8MB-HIC 18 鳌合金属亲和 MB-IMAC-FeMB-IMAC-Cu 离子交换 MB-WCXMB-WAX 糖蛋白试剂盒 G蛋白试剂盒 2079 2204 2748 3260 m/z 2079, 2204, 2748, 3260 Normal Cancer ClinPort Analysis of Human Plasma Samples 观察差异峰 Class 1 Class 2 生物信息数据处理软件 - ClinProTools Clinprot的优势 超高灵敏度的质谱仪：fmol级，适合肿瘤早 期微量蛋白的发现。 ◆ 样品靶上加有疏水作用基团，中央是亲水基团，在溶剂蒸发时，收缩样品液滴集中在中央，可大大增加单位面积样品的浓度 ◆相对常规芯片，提高10-100 倍的灵敏度 ◆一块芯片有96点，处理量较一　 　　　　般的芯片更大！ 10 fmol 普通干燥液滴 1 fmol AnchorChip 目标靶 优势一：灵敏度高 优势二：重复性好 示例：某实验对比三个蛋白峰的重现性 0.0119 9278.5 0.0096 7760.0 0.0089 5902.9 CV Mean Location (n= 4) 3 2 1 Bruker Peak Platform 每次检测只需5μl血清 滴血验癌 优势三：血清用量少 优势四：磁珠种类多、适于各类临床样品 疏水作用 MB-HI C 1 MB-HI C 3MB-HI C 8 MB-HI C 18 离子交换 MB-WCXMB-WAX 鳌合金属亲和 MB-IMAC-FeMB-IMAC-Cu 临床样品：血清、血浆、尿液、脑脊液、羊水、唾液等。 优势五：样品处理通量高　 手动处理，每次可处理96个样品 利用机械臂每天可处理高达3万个样品 美国斯隆-凯特琳癌症研究所 2006年2月第6卷 Nature Reviews Paul Tempst 应用液体蛋白芯片指纹图谱仪对前列腺癌、乳腺癌和膀胱癌进行血清多肽指纹谱图研究，其中对前列腺癌的盲性预测准确率达100％。 Lisa H. Cazares, Shamina Mitchell-Green, Sau-Mei Leung, Brendan C. Stack Jr., J. Trad Wadsworth, Richard R. Drake, and O. John Semmes Departments of Microbiology and Molecular Cell Biology, Otolaryngology-Head and Neck Surgery, Eastern Virginia Medical School Norfolk, VA 应用实例 头颈部鳞状细胞癌生物标志的发现与鉴定 实验目的与方案： 头颈部鳞状细胞癌在美国占所有癌症的5%。 寻求早期诊断头颈部鳞状细