基因芯片技术在心血管研究中的应用.ppt

2. 样本选择和设计 (1)待测样本的选择：可以是组织来源的或血液来源的，也可以是培养的细胞或病人的体外分泌物等。 (2)对照样本的选择：组织表达谱芯片一般选用正常的相同组织与病例组织作为对照。 　基因芯片技术流程 （二）检测原理 1. 用于RNA水平的大规模基因表达谱的研究 由于基因芯片在固定介质和标记染料方面的优势，可以实现同一张芯片上多种荧光标记。利用双色荧光系统，可以在一张芯片上实现待测样本和对照样本靶序列的同时检测。 基因芯片对基因表达谱的分析 2. 检测DNA的结构及组成 基因芯片可以从不同的方面对DNA进行检测，如DNA的测序和再测序、DNA的甲基化检测、基于芯片的比较基因组杂合(CGH)技术等 第二节 基因芯片在心血管疾病基因组 学研究中的应用 一、基因芯片技术与心血管疾病致病基因或遗传易感性研究 (一) 遗传标记（genetic marker ） 是指可遗传的并可检测的DNA序列 第一代遗传标记：限制性片段长度多态(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP) 检测DNA在限制性内切酶酶切后形成的特定DNA片段的大小。凡是可以引起酶切位点变异的突变如点突变（新产生和去除酶切位点）和 一段DNA的重新组织（如插入和缺失造成酶切位点间的长度发生变化）等均可导致RFLP的产生。 限制性片段长度多态性 第二代遗传标记：微卫星标记（microsatellite，MS)　 又称为短串联重复序列(simple tandem repeats，STRs)或简单重复序列（simple sequence repeats） 是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2～6个核苷酸的串联重复片段构成，由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富，因此微卫星标记的应用非常广泛。 微卫星标记 第三代遗传标志：单核苷酸多态性标（single nucleotide polymorphism, SNP） 主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 * 1….ATCCTGTACCTACGTGTACAATAGTA…..CTGATCATCTCTATGGG…. 2….ATCCTGTTCCTACGTGTACAATAGTA….. CTGATCATCTCTATGGG…. 3….ATCCTGTACCTACGTGTACAATAGTA…..CTGATCAGCTCTATGGG…. 1 2 3 SNP1 SNP2 单核苷酸多态性（SNPs） SNP作为遗传标记的优势 （1）SNP数量多，分布广泛，人类30亿碱基中共有300万以上的SNPs 。 （2）SNP适于快速、规模化筛查。 SNP一般只有两种碱基组成，所以它是一种二态的标记。 （3）SNP直接影响或决定疾病的发生。 研究SNP可以预测个人患病可能性，以及疾病预后、对药物作用的有效性 （二）Haplotype?Map（ HapMap）计划 单体型是指相邻SNPs的等位位点倾向于以一个整体遗传给后代。位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点的集合。 2002年10月28日，HapMap计划正式启动。这一项目旨在构建整个人类基因组DNA序列中多态位点的常见模式，至少对100万个SNP进行全基因组规模的基因分型。 HapMap的构建分为三个步骤： （a）在多个个体的DNA样品中鉴定单核苷酸多态性（SNPs）； （b）将群体中频率大于1%的那些共同遗传的相邻SNPs组合成单体型； （c）在单体型中找出用于识别这些单体型的标签SNPs。通过对标签SNPs进行基因分型，研究者可以确定每个个体拥有的单体型。 （三）致病基因的遗传易感性研究 1. 群体关联分析 2. 家系连锁分析 （四）基因芯片技术是遗传分析的主要手段 2007年Samani 等应用Affymetrix 500K SNP芯片, 对德国人心肌梗死家庭研究(GerMI)中875例心肌梗死病例和1644名对照进行基因型检测,发现了除9p21区域的位点rs1333049外的6个与冠心病显著关联的位点。 Ｈaley等利用含8600个ｃDNA/EST的微阵列，对肿瘤坏死因子刺激的人主动脉血管平滑肌细胞及粥样硬化的主动脉进行了检测。发现新的化学因子eotaxin及其受体CCR3的表达与动脉粥样硬化的关系极其密切 。 二、基因芯片技术与心血管疾病转录组学研究 对来源于不同个体、不同组织、不同细胞周期、不同发育阶段、不同分化阶段、不同病变、不同刺激（包括不同诱导、不同治疗阶段）下的细