第一节 染色质结构与基因表达.ppt

Gal4蛋白N末端一段短的缺失便会破坏转录因子与DNA的结合能力。然而，一系列含有不同长度C－末端缺失的Gal4蛋白质，只要缺失的范围不越过第72个氨基酸残基，仍然会保持与UASGAL序列专一性结合的能力。因此，Gal4蛋白N－末端的72个氨基酸残基组成的结构域具有与UASGAL序列的结合能力。 C末端缺失大约125或更多个氨基酸残基同样会彻底消除Gal4激活转录的能力，但是这些缺失并不影响它们的DNA结合能力。如果把Gal4的N末端DNA结合结构域与长度不同的C－末端片段直接融合所形成的截短的蛋白质，尽管这些转录因子失去了大部分的中央区，仍保持有激活报道基因转录的能力。因此，Gal4蛋白C末端大约100氨基酸区段含有激活结构域，当把它与N末端的DNA结合结构域融合后，同样能够激活报道基因的转录。 对酵母的另一个转录因子Gcn4也做了相似的分析。Gcn4调控多种与氨基酸生物合成有关基因的表达。发现该转录因子的C末端60个氨基酸构成的序列含有一个不同的DNA结合结构域。Gcn4在靠近多肽链的中央有一约有20个氨基酸构成的激活结构域。野生型的Gcn4的转录激活结构域和C－末端的DNA结合结构域之间是相对伸展的区域，对蛋白酶高度敏感。 有关Gal4和Gcn4含有转录激活区进一步的证据来自结构域交换实验（domain swapping）。把Gal4和Gcn4的激活结构域与大肠杆菌LexA的DNA结合结构域融合。LexA具有一个N－末端DNA结合结构域，该结构域专一性地与lexA操纵序列结合。在这些研究中，把一个报道基因引入酵母细胞，而报道基因的上游插入了lexA操纵基因。这时，报道基因并不表达。 接下来，把编码LexA DNA结合结构域的序列与编码Gal4和Gcn4激活结构域的序列连接在一起，构成一个融合基因，并把融合基因导入到酵母细胞。在细胞内，融合基因表达，产生的融合蛋白由来自于一个转录因子的DNA结合结构域和来自于另一转录因子的激活结构域构成。融合蛋白的DNA结合结构域结合到LexA操纵基因上，它的激活结构域激活报道基因的转录。所以，转录激活因子中的DNA结合结构域和转录激活结构域在序列上是彼此隔开的，彼此独立地折叠成不同的三维结构，并且可以独立地发挥作用。 1、DNA结合域 （1）螺旋－转角－螺旋结构域（helix-turn-helix domain) 这是第一个被鉴定的DNA结合结构域。该结构域具有两个α螺旋，中间为一短的β－转角。靠近C端的α螺旋为识别螺旋（recognition helix），其大小正好适合嵌入DNA的大沟，直接阅读DNA序列。螺旋－转角－螺旋的第二个螺旋横跨大沟与DNA主链相联系，增强蛋白质与DNA之间的结合能。 （2）锌指（zinc finger） 锌指为蛋白质中一段相对较短的氨基酸序列围绕着中央锌离子折叠，形成的一种相对独立的DNA结合结构域。锌指得名于最初为阐明该结构域的外形而绘制的示意图：环形肽段围绕锌离子形成一手指状的结构，而锌离子则是形成和维持这一结构的关键。现在知道锌指有着不同的结构形式，也会出现在并不与DNA结合的蛋白质中。 锌指的共有序列是：Cys-X2-4-Cys-X3-Phe-X3-Leu-X2-His-X3-His。其中X代表任意氨基酸残基，下标为氨基酸残基的数目。 （3）碱性亮氨酸拉链（leucine zipper） 亮氨酸拉链最初是比较酵母转录激活因子Gcn4、哺乳动物转录因子C/EBP(CAAT框及SV40增强子核心序列结合蛋白)以及癌基因产物Fos、Jun和Myc的氨基酸序列时被发现的。这些调节蛋白的羧基端都存在一段富含亮氨酸的序列，易于形成α－螺旋。 在α－螺旋中，每7个氨基酸残基就会有一个亮氨酸残基，结果α－螺旋的某一侧面，每两圈就会出现一个亮氨酸，重复的亮氨酸数目一般为4～5个。α－螺旋中上的亲水氨基酸残基位于另一面。两个单体通过α－螺旋侧面上的亮氨酸残基之间的疏水作用力相互齿合形成二聚体，所以说亮氨酸拉链是二聚化结构域。 （4）碱性螺旋－环－螺旋（helix-loop-helix） 螺旋－环－螺旋结构域包含40～50个氨基酸残基，形成两个α－螺旋，中间为长短不一的非螺旋区（环）。含有螺旋－环－螺旋结构域的蛋白质通过α－螺旋一侧的疏水残基的相互作用形成同源二聚体或异源二聚体。HLH蛋白在靠近HLH基序的地方也有一与DNA结合的碱性结构域，因此也称bHLH蛋白。 第二节 DNA甲基化与基因组沉默 DNA甲基化是指在DNA甲基化酶（DNA methyltransferase）的作用下，以S－腺苷甲硫氨酸为甲基供体，将甲基转移到DNA分子的胞嘧啶碱基上形成5－甲基胞嘧啶的过程。胞嘧啶的甲基化作用不是随机的。在脊椎动物基因组中胞嘧啶甲基化仅限于5’－CG－3