生物多样性信息学数据标准及其应用.pdfVIP

生物多样性信息学数据标准生物多样性信息学数据标准 及其应用及其应用 许哲平 中科院植物所 1010 湖北宜昌湖北宜昌 Sources of biodiversity information （ALA ） 数据 • Natural history collections and herbaria • LivingLiving collectionscollections • Field studies • LitLiteratture • Molecular research • Images and multimedia • Experts DNA条码 提纲提纲 唯唯一标识符标识符：LSID 物种名录：TCS 物种观测数据：Darwin Core 物种描述：SDD 文献数据标准：TaxonX 空间数据标准空间数据标准：：KMLKML 图片数据标准：IPTC和XMP DNA条码数据标准：BRIs和ABCDDNA 混搭式混搭式(Mash(Mash up)up) ”数据标准数据标准”：：EOLEOL TransferTransfer SchemaSchema和和FainFain--MarkupMarkup 信息平台服务标准：OGC ISO 19119 生命科学标识符 （Life Science Identifiers, LSIDs ）是持久的、位置无关的、独特的资源 标识符命名的生物，包括物种名、定义、标本，基因或蛋白质，或有关编码信息的数据对 象。简单来说，LSIDs是一种识别和定位网络上的生物信息块的方式和手段。 /lsid/detail.php?lsid=urn:lsid::specimens:PE 每个LSIDs由5个部分组成，中间以英文冒号作为分隔符： 1）Network Identifier (NID，网络标识符), 如urn:lsid: 标签; 22 ））AuthorityAuthority IdentificationIdentification （（机构标识符机构标识符））,通常是顶级的通常是顶级的DNSDNS域名域名;; 3 ）Namespace Identification （命名空间标识符），名称类型，如名称、标本、图片等; 4 ）Object Identification （对象标识符），唯一的数据对象ID； 5 ））opptional Revision Id （（可选的修订可选的修订ID），），用于反映数据对象的修订历史用于反映数据对象的修订历史。 下面为几个有效的LSIDs: urn:lsid::names2 – A plan scientific name from IPNI urn:lsid:g:namebank:11815 – A scientific name from UBio urn:lsid::names:cnpc_29624：CVH上的植物名称 urn:lsid::specimens:IBK_IBCVH上的标本数据 TCS （Taxon Concept Schema ）：将强化与ABCD 、SDD和Darwin Core等工作组之 间的联系。 Darwin Core： 一个生物多样性信息学数据标准，由一组便于物种发现、检索、信息集成、时空记录和支 持生物记录证据的术语组成。 尤为要注意的是其中的尤为要注意的是其中的basisOfRecordbasisOfRecord元素元素。。该字段该字段 指明了物种出现记录的数据类型，包括： PreservedSpecimen （蜡叶标本） FossilSppecimen （化石标本标本） LivingSpecimen （栽培物种标本） HumanObservation （人为观察记录） MachineObservation （机器观察记录）