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利用eLSA算法研究抗生素对人类肠道微生物菌群的影响 摘 要：人类肠道微生物与人体健康有着千丝万缕的联系，肠道微生物群的改变是人体健康及功能的标志物。本文利用eLSA算法研究抗生素对人体肠道微生物菌群之间关联的影响，结果表明：抗生素对肠道微生物的影响,不仅出现在全局的时间序列关联中，同时还出现在局部和带时间延迟的关联序列中；肠道微生物经历重复的抗生素扰动时，部分扰动反应关联消失或出现新的关联，说明抗生素的扰动可以改变肠道微生物菌群间原有的状态，这种改变甚至有可能是长期的；个体拥有的肠道微生物并不完全相同，不同的个体对应同样的抗生素扰动会有不同的个性化反应。 关键词：肠道微生物；时间序列；抗生素扰动；eLSA；关联 Using eLSA to Study the Effects of Antibiotic to the Human Gut Microbiota Abstract: The human gut microbiota has great importance to human health. We used eLSA algorithm to analyze human gut microbiota time series under antibiotic perturbation．The results showed that the human gut microbiota responded to antibiotic perturbation with both changes in global associations and in local and/or time-delayed associations; Human gut microbiota under repeated antibiotic perturbation, perturbation associations part disappear or emergence some new associations, means antibiotic perturbation can be change the original status of gut microbiota; Individual gut microbiota are different in their response to antibiotics, which may signify the possibility of different patient response to the same antibiotic treatment and imply personalized antibiotic treatment is a direction of further research. Keywords: gut microbiota; time series; antibiotic perturbation; eLSA; association 1 引言 人类肠道中存在着丰富的微生物，肠道微生物及其代谢产物影响人体的营养物质加工、能量平衡、免疫功能、胃肠道发育和成熟及其他多种重要的生理活动[1]。抗生素可能导致肠道微生物菌群发生改变，而这种改变可能会增加一些慢性疾病的风险，威胁人类健康[2-3]。所以，研究抗生素扰动对肠道微生物菌群的影响具有重要的意义。 在微生物研究中，为了揭示微生物之间以及微生物与环境之间的关联关系，挖掘和分析它们的时间序列数据是重要的方法之一。传统关联分析方法，例如皮尔森相关系数（PCC）、主成分分析（PCA)、多维标度法（MDS）、判别函数分析（DFA）以及典范相关分析(CCA)[4-8]，都只是从时间序列全局的角度去挖掘，但在微生物研究中，存在着大量的时间序列的局部和带有时间延迟关联关系，这些关联包含了丰富的生物信息[9-13]。本文用eLSA算法，针对抗生素扰动下的人体肠道微生物菌群进行研究，发现了一些菌群以及关联关系的变化。 2 数据与方法 2.1 数据 本文使用的肠道微生物时间序列数据来自斯坦福大学Les Dethlefsena 和David Relman的研究[14]。该数据是在10个月时间内从3个成年人（D、E、F）粪便中收集肠道微生物样本，每个样本中数据分别收集56、52、54次(即56、52、54个时间点)，在此期间三个人都接受了两次相同的环丙沙星扰动。本文选取其中的241个微生物数据用于研究，并将选取的数据分为6个子样本D1（28个时间点）、D2（28个时间点）、E1（26个时间点）、E2（26个时间点）、F1（27个时间点）、F2（27个时间点），其中三个1号样本为第一次添加扰动，三个2号样本为第二次添加