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ProtParam 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，适用于蛋白质序列的物理-化学参数（氨基酸、原子组成，等电点，消光系数等） MultiIdent 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，适用于通过等电点、分子量、氨基酸组成、序列标签、肽指纹数据等识别蛋白 AACompSim 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，该程序将登录在Swiss-Prot数据库的蛋白质氨基酸组成与其它登录蛋白质进行对比分析 AACompIdent 瑞士蛋白质专家分析系统中的子程序，该程序用于通过氨基酸组成识别蛋白质? 3D Protein Display and Sequence Analysis for the PC (UIUC) 蛋白质三维构象展示。 　 3D-PSSM 借助序列、三维结构的序列轮廓，结合二级结构、溶剂势信息，基于网络的迅捷蛋白质折叠识别方法。 　 Align3 在微机DOS操作系统中运行的核酸、蛋白质三序列分析软件，该软件的优点在于易学、易懂，缺点是仅能进行三序列的对比分析。 ALP3——蛋白质三序列的对比分析。 　 AMBER 蛋白质同源模建。 　 Analyze 利用EDMC方法通过球形构象分析： [1]探讨蛋白质构象特性：分子内、分子间氢键；相对于参考构象的均方根位移（RMS）；官能团间、质子间的距离； [2]分析蛋白质整体构象的电学性质—平均化玻尔兹曼分布； [3]利用提供的直角坐标计算二面角； [4]构型调整、构象优化； [5]建立适当的构象统计权重，获得理论预测与实验核磁NOE谱、耦合常数匹配的分析信息； 　 ANTHEPROT Protein Sequence and 3D Structure Analysis (France) 蛋白质序列和三维构象分析。 　 ARP 处理、阐明生物大分子的电子密度图，构建、修正大分子模型。 　 ASC ?蛋白质分子表观性质分析软件，即通过计算蛋白质分子表面性质探讨分子作用机理模式。该程序涉及： [1]利用范德华表面或溶剂可及性表面方法探讨蛋白质截断球面性质； [2]利用双立方格子方法数值化蛋白质表面、表面体积； [3]计算分子组装及各组分表面能量、亲疏水性表面 　 BIOSIM A BIOlogically oriented neural network SIMulator 面向分子生物学的神经网络模拟软件 　 Blast and Fasta Scripts (Stanford) 蛋白质序列分析。 Catalyst 药物设计操作平台。简易设计分子结构模型的操作平台，提供先进的信息检索、信息分析、功能模拟访问相关的数据库，设计假设化合物及相关模型，解释构效关系；进行组化合物的结构、功能对比，设计特定药效基团；筛选特定结构化合物。 　 Cerius2 材料科学、化学领域的分子构效分析的操作平台。依托于UNIX图形工作站，用于构间分子模型、结构优化，进而结合组合化学数据库进行结构功能分析，借助该操作平台提供的大量的回归、分析技术，利用现有的活性数据、获得的回归方程预测、设计全新活性化合物。该操作平台为Gaussian程序提供了方便、简洁的链接，并为计算结果进行图形分析。 　 DELILA Sequence analysis system(NCI/FCRDC) 序列分析。 　 FASTA 基于网络的借助数据库主要进行蛋白质的序列对比分析。 　 FLEX 3D from The Scripps Institute 蛋白质空间构象分析。 　 FoldIt (light) - Molecular Graphics - Macintosh 蛋白三维折叠结构分析。 　 GCG 基于PC和工作站的分析蛋白质和核酸序列功能软件集合。具有支持网络操作的功能，可以完成数百种分析功能。面向分子生物学、生物信息学进行序列对比、数据库检索、进化分析、序列拼接、基因模式识别、酶切位点、PCR引物设计、蛋白质功能位点分析、蛋白质与核酸对译以及二级结构分析。 　 Gene Explorer 面向分子生物学的分析操作平台。面向分子生物学，将分子模拟技术、生物信息学、数据分析集中于一体的操作界面。包含：核酸、蛋白质同源检索，蛋白质空间构象预测，蛋白质突变体设计，线性酶切位点分析。 蛋白质同源检索——借助不同的检索技术，建立有效的检索方法，对蛋白质序列进行同源检索；同时分析结构信息，从而将检索方法扩展。 　 InsightII 生命科学领域分子模拟系统的图形操作平台。依托于UNIX图形工作站，对生物大分子，特别是蛋白质分子的空间构象给予图形界面化。同时，集成常用的、具有共性的分子操作工具，如空间构象显示模式、几何参数计算、分子结构单元的定义和操作、计算数据的图形处理