基因测序法—土豆.pptVIP

Genome sequence and analysis of the tuber crop potato 块茎作物马铃薯的基因组测序及分析 引言  Potato -one of the most important non-grain food crop 高营养: 富含淀粉, 蛋白质,维生素，Ca，P，Fe， 胡萝卜素，硫胺素，核黄素，尼克酸 易栽培，对土壤适应性强，高产 美味 是许多国家和地区特别是发展中国家，重要的食物来源 世界粮食安全的核心 However…… 容易遭受病虫害感染 无性繁殖导致病毒等有害物质的积累 有害突变 严重的近交衰退 …… ……  细菌性疾病 真菌性疾病 Great Irish Famine (1845-1850) Genome sequence and analysis of the tuber crop potato 2011.7.10 Nature The Potato Genome Sequencing Consortium 前言：马铃薯测序之难 马铃薯基因的高度杂合性（4n，n=12） 物理图谱质量不高 测序成本高 …… 这些问题导致“马铃薯基因组测序国际协作组”濒临解散…… 研究方法的突破…… 中方首席科学家黄三文博士提出了以双单倍体马铃薯（DM）为材料来降低基因组分析的复杂性，并采用快捷的全基因组鸟枪法（whole-genome shotgun sequencing）策略和低成本的新一代DNA测序技术（next-generation sequencing technology）的新策略 研究对象 DM：双单倍体马铃薯（S. tuberosum group Phureja DM1-3 516 R44） RH：杂合二倍体的马铃薯（S. tuberosum group Tuberosum RH89-039-16） DM - 双单倍体 来源于原始的南美栽培品种 块茎细长，植株较矮小 由组织培养技术获得 RH-杂合二倍体 普通商业品种 块茎较圆，植株较高大 研究结果 土豆 双子叶植物的进化 1.土豆在进化过程中经历了两次全基因组复制（WGD） 2.双子叶植物的两个主要分枝--菊亚纲和蔷薇亚纲可能共享 相同的古六倍体重复事件 3.土豆和葡萄的分化发生在约8900万年前，可能象征着菊亚 纲和蔷薇亚纲的分道扬镳 块茎的进化 1.发现与块茎形成相关的基因 2.多种转录物表达上调，主要为：贮藏蛋白编码基因，蛋白酶抑制基因和patatin 3.KTI家族的扩大可能为块茎提供抗生物胁迫 4.通过降低淀粉的水解来提高块茎的产量 5.开花控制基因影响着块茎的形成和萌发 基因杂合度近交衰退 1. DM中的有害纯合等位基因可能导致其活力降低 2.马铃薯基因存在较高的变异性 3.可能得到与近交衰退有关的基因目录 生长发育抗病虫害基因 1.茄科的大多数抗病基因编码NBS-LRR 2.土豆中许多NBS-LRR编码基因是假基因，可能影响其抗病虫害能力 研究意义 破译马铃薯基因组序列可帮助科学家们从分子水平上了解马铃薯的生长、发育及繁殖过程 对改良和提高马铃薯的品种产量、品质和抗病性具有重要的意义。 Thank you! * 1.土豆中含有多种营养物质：碳水化合物提供热量，维生素B，C（无维生素A），丰富的蛋白质，第二面包，地下苹果…… 2.土豆易于栽培，只要经过简单的施肥就能高产 3.土豆是世界四大作物之一，也是重要的蔬菜作物，其产量每年在不断提高，土豆的种植也日渐受到各国的重视，土豆很可能成为全世界最主要的粮食作物。 3.土豆是世界粮食安全的核心，土豆影响着世界上很多国家人民的温饱 马铃薯晚疫病（Potato Late Bright）由致病疫霉引起，导致马铃薯茎叶死亡和块茎腐烂的一种毁灭性真菌病害。叶片染病先在叶尖或叶缘生水浸状绿褐色斑点，病斑周围具浅绿色晕圈，湿度大时病斑迅速扩大，呈褐色，并产生一圈白霉，即孢囊梗和孢子囊，尤以叶背最为明显；干燥时病斑变褐干枯，质脆易裂，不见白霉，且扩