可实现振荡功能的生物模体的设计性分析-design analysis of bio - phantom capable of realizing oscillation function.docxVIP
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可实现振荡功能的生物模体的设计性分析-design analysis of bio - phantom capable of realizing oscillation function
承诺书本人声明所呈交的硕士学位论文是本人在导师指导下进 行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特别加以标注和致 谢的地方外,论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成 果,也不包含为获得南京航空航天大学或其他教育机构的学位 或证书而使用过的材料。本人授权南京航空航天大学可以将学位论文的全部或部 分内容编入有关数据库进行检索,可以采用影印、缩印或扫描 等复制手段保存、汇编学位论文。(保密的学位论文在解密后适用本承诺书)作者签名: 日期: 第一章 绪论1.1系统生物学1.1.1系统生物学概述系统生物学是上世纪末兴起的研究学科,生物系统是一个极其复杂的系统,包裹的个体多, 而且各个单元间作用比较复杂,生命科学对于人类而言至今仍然是一个极具挑战性的学科,人 们对于生物系统的了解远远没有达到能够认知生物系统的水平。以前,由于人们对生物系统的各个基本结构不了解,因此研究主要集中在对各个分系统或 单元的研究,随着实验条件的逐步提高,人们已经对生物系统的各个子单元有了比较详细的了 解。人们原以为生物体就是各个子系统简单地组合在一起而已,只要对各个模块了解后,整体 的性质就迎刃而解了。随着研究的加深,科学家也开始怀疑自己刚开始判断的正确性,渐渐的 发现生物系统并不是子系统简单的累加,各个系统间是有比较复杂的联系的,正是通过这种联 系才使得生物体成为一个有机整体,表现出令人匪夷所思的特性,好多科学家都感叹生物系统 是一个极其精密、完美的系统,各个子系统间达到了很和谐的统一,并且处于不停的进化中。 于是人们开始着手在已有数据的基础上研究生物体各个系统之间的作用网络,从整体的角度来 研究生物系统,进而更好地了解生物系统,这就是系统生物学。现在已经有好多科学工作者在从事系统生物学的研究,比如新陈代谢网络、基因调控网络 等等,这些都是旨在探究生物系统的作用网络,进而得到各种生物功能的产生机理。另外现在 又有了一个新兴的方向,就是研究生物网络结构与生物功能之间的对应关系,而不用考虑具体 的生物知识,然后再把得出的结论运用到具体生物系统中去,来指导生物系统的研究,目前这 方面的工作已经取得了很好的进展。1.1.2系统生物学研究内容和程序从上面的介绍我们可知系统生物学是在细胞、组织、器官和生物体整体的水平研究结构和 功能各异的各种分子及其相互作用,并通过计算生物学来定量描述和预测生物功能、表型和行 为[1]。系统生物学工作主要有以下基本流程:(1) 对要研究的某一生物系统的所有组分进行了解和确定,勾画出该系统的结构,主要包 括基因相互作用网络和代谢途径,以及细胞内和细胞间的作用机理,从而构造出一个初步的系 统模型。(2) 系统地改变被研究对象的内部组成成分(如基因突变)或外部条件,观测在这些情况 下系统组分或结构所发生的相应变化,包括基因表达、蛋白质表达和相互作用、代谢途径等的变化,并把得到的有关信息进行整合。(3) 把通过实验得到的数据与根据模型预测的情况进行比较,以此对初始模型进行修订。(4) 根据修正后的模型的预测或假设,设定和实施新的改变系统状态的实验,重复第二步 和第三步,不断地通过实验数据对模型进行修订。系统生物学的目标就是要得到一个理想的模 型,使其理论预测能够反映出生物系统的真实性。由此可见,系统生物学通俗的讲就是弄清楚生物体内各个部分之间是通过什么样的作用机 制来实现生物功能的,其核心任务是通过研究研究生物系统的结构与动力学性质和特定生物功 能的关系,最终实现对生命过程的理解、控制、设计。可以说系统生物学是一个雄心勃勃的计 划,是后基因时代生物学和医学的重要研究方向,其研究对于人们对生命过程的认识和控制有 着十分重要的作用,特别是对于疾病的治疗和药物的合成,因此系统生物学被称为 21 世纪的生 物学。当然由于生物系统的复杂性,含有近三万基因和二十万左右的蛋白质,要想彻底弄清楚 它们的相互作用机制是一个十分困难的问题,因此系统生物学是一个多学科交叉的学科,涉及 到生物学、物理学、化学、医学、计算机技术等多种学科和技术。系统生物学大部分的精力都集中在研究生物细胞网络结构与生物行为之间的关系,但是鉴 于生物系统的复杂性以及实验数据的缺乏,提取出结构和功能的关系仍然是一个极具挑战性的 工作[2]。但是有越来越多的证据显示在生物体中确实存在普适的功能与结构的对应关系,比如 研究表明细菌的趋化适应性就和一些特殊的网络结构相对应[3]。最近北京大学的研究表明,生 物体中很常见也是很重要的一种功能,适应性,就和两种特殊的作用环路有很强的关联,他们 研究了三点模体的适应性,结果表明只有带负反馈或前馈的结构的模体才能获得很好的适应性 和敏感性,并且可以成功的解释细胞的趋化性调控[2]。好多研究也表明在生物体信号传递的路 径中大部分都存在反馈或前馈回路,以
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