两种雌激素受体与抑制剂作用机制的分子动力学分析-molecular dynamics analysis of the mechanism of action of two estrogen receptors and inhibitors.docxVIP

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2018-05-28 发布于上海
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两种雌激素受体与抑制剂作用机制的分子动力学分析-molecular dynamics analysis of the mechanism of action of two estrogen receptors and inhibitors.docx

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两种雌激素受体与抑制剂作用机制的分子动力学分析-molecular dynamics analysis of the mechanism of action of two estrogen receptors and inhibitors

目录中文摘要 .................................................................... IABSTRACT .................................................................. III第一章综述 ............................................................... 11.1 研究雌激素受体的背景 .................................................. 11.2 雌激素受体与抑制剂的作用机理 .......................................... 21.3 研究雌激素受体抑制剂的意义 ............................................ 3第二章理论计算和方法 ....................................................... 52.1 分子力学 .............................................................. 52.2 混合量子经典方法 ...................................................... 72.2.1 理论基础 .......................................................... 72.2.2QM 区域和 MM 区域边界的处理92.3 分子动力学模拟 ........................................................ 92.3.1 MD 模拟的基本原理 102.3.2 MD 模拟的初始化 102.3.3 MD 模拟的约束条件 122.3.4 SHAKE 算法 142.4 自由能计算 ........................................................... 152.4.1 线性相互作用能(LIE)方法 152.4.2 MM-PBSA 方法 162.4.3 对于残基的能量分解 ............................................... 172.5 构象变化 ............................................................. 182.6 范德华作用 ........................................................... 182.7 受体蛋白结构的特异性 ................................................. 18第三章两种雌激素受体与抑制剂结合的分子动力学模拟 ......................... 213.1 初始化复合物 ......................................................... 213.1.1 能量优化 ......................................................... 223.1.2 加热 ............................................................. 223.1.3 密度平衡 ......................................................... 223.1.4 动力学演化 ....................................................... 223.2 MM-PBSA 方法计算结合自由能 223.2.1 自由能结果分析 .................................................... 233.3 两个体系的分子动力学行为 ............................................. 243.4 小结................................................................. 25第四章两个体系在分子动力学过程中的变化 ................................... 27 4.1 蛋白构型变化分析.........................