自由能计算用于葫芦脲性质及包结机理研讨.pdfVIP

摘要 摘 要 近几年，随着葫芦脲的合成和衍生化方法的成熟，第四代超分子主体葫芦 脲已引起密切关注。葫芦脲可应用于医药、催化、分子开关和囊泡等各领域。 虽然很多实验手段可以用来测定葫芦脲与许多客体分子的包结常数，但是葫芦 脲与它们之间的作用机理尚不清楚。分子模拟方法可以从微观角度来解释葫芦 脲的结构性质和包结机理等。本论文采用分子动力学(moleculardynamics，MDl fi)rce，ABF)方法对葫芦脲 模拟方法和白适应偏置力(adaptivebiasing 括以下三个方面： 1．驱动疏水客体与葫芦脲包结的作用力在很大程度上取决于空腔中水分子 的数量，所以葫芦脲与水的相互作用引起了很大的关注。采用分子动力学模拟 方法对四种葫芦脲溶于水中的性质进行了研究。结果发现在cB[5]的空腔中没有 水分子，但随着葫芦脲尺寸的增大，空腔内所含的水分子数增多。通过计算均 方根误差，发现CB[5]骨架的刚性最强，CB[8]骨架的柔性最强。另外计算了四 种葫芦脲在溶液中和在真空中的能量，发现在这两种条件下CB[61的能量都最 低，结果表明CB[61的结构最稳定。本项研究为了解葫芦脲在溶液中的性质提供 了重要信息，也为葫芦脲在水中溶解度大小的奇偶变化做了一个初步探索。 2．葫芦脲与有机铵离子的包结动力学和包结机理的研究很早就有文献报 道，但都仅限于实验方面的研究。本项工作使用分子动力学模拟和ABF方法研 的包结机理。从自由能曲线上可以明显看到HD与葫芦脲包结过程中没有势垒， 而HD”与葫芦脲包结过程中有一个很大的势垒。将自由能分解成不同自由能组 分项后可知，这个势垒是由近口端的铵基与葫芦脲羰基氧的静电相互作用造成 成次稳定的复合物，然后HD2+发生了去质子化，穿过空腔后再质子化。本项研 究为葫芦脲与有机铵离子的包结机理提供了理论基础。 3．扑热息痛是一种难溶的非甾类抗炎药物，长期或习惯性的使用会造成肝 摘要 脏损害，为了减少副作用的伤害，可采用CB[7]作为赋形剂进行包结。本项工作 使用分子动力学模拟和ABF方法研究了在水溶液中葫芦脲对扑热息痛包结过程， 探索了葫芦脲的药物运载机制。为了研究扑热息痛与葫芦脲的各种可能包结模 式，分别将主客体分子的距离设为3、4和5A按照取向I和取向II进行了6次动力 学模拟，结果表明取向I是有利的。用ABF方法计算得到的扑热息痛按照取向I 穿过葫芦脲空腔过程中的自由能变化曲线表明，它们形成了稳定的包结物，即 葫芦脲是一种有效的包结剂。然后，将自由能分解成不同组分项后可知，扑热 息痛与葫芦脲之间的范德华相互作用是使它们形成稳定包结物的主要驱动力。 另外，采用分子动力学模拟考察了两个包结位点的稳定性，即深入包结模式和部 分包结模式。结果表明深入包结模式所对应的包结物更加稳定，并且不会从深 入包结模式转化成部分包结模式。本项研究为设计基于葫芦脲的药物载体提供 了理论基础。 关键词：葫芦脲，己二铵，扑热息痛，分子动力学，自适应偏置力 II ABSTRACT —————●—————_-—_———————————-——_———————————————__——————————-———————————————_———_————————一一———————_——————————————————-—————————————一 ABSTRACT Inrecent attracted interestasthe years，cucurbiturils(CBs)have widespread fourth of the generation of ofits supramolecularhost，with