从叶绿体DA角度分析云南省ど袄娴胤狡分忠糯多样性.docVIP

从叶绿体DNA角度分析云南省ど袄娴胤狡分忠糯多样性 　　摘要：探讨云南地区砂梨种?|资源的遗传背景，选用4对呈现多态性的叶绿体引物，对19个原产于云南省的砂梨品种和3个对照品种的trnL-trnF、rbcL、trnS-psbC区域进行扩增。结果表明：4对引物的扩增结果合并后得到长度为3 831 bp叶绿体基因片段，含有4个单倍型（H1～H4）、14个多态性位点，其中单一突变位点11个，简约信息性位点3个，插入/缺失（InDel）1个。19份砂梨种质的单倍型（基因）多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）分别为0.602、0.000 38。合并后的片段经Tajimas D检验其D值基本未达显著水平，遵循中性模型。4个叶绿体单倍型的中介网络显示：单倍型H1与H2、H3的亲缘关系较近，而H4则与上述3个单倍型的亲缘关系较远。经叶绿体单倍型分析可知，云南砂梨地方品种的遗传多样性较为丰富。 中国论文网 /1/viewhtm　　关键词：砂梨；叶绿体DNA；遗传多样性；亲缘关系 　　中图分类号： S661.203.2文献标志码： 　　文章编号：1002-1302（2016）08-0209-03 　　云南省位于我国西南地区，其西北部为横断山脉区，东南部为云贵高原，地形地貌复杂，植物种质资源丰富，是中国梨的起源地之一，原产梨种质资源有川梨（Pyrus pashia Buch-Ham.）、砂梨（P.pyrifolia Nakai.）、滇梨（P.pseudopashia Yü.）、豆梨（P.calleryana Dcne.），其中砂梨是云南省地方栽培梨品种的主体，分布于云南省大部分地区，地方优良品种诸多，如宝珠梨、巍山红雪梨、富源黄皮梨、火把梨等[1]。了解地方品种的遗传多样性和亲缘关系，对揭示云南省砂梨资源的起源、保护及利用有重要意义。 　　DNA分子标记技术，如RAPD、AFLP、SSR、IRAP等，已经广泛应用在果树植物遗传多样性、品种鉴定、亲缘关系等研究领域[2-5]。叶绿体DNA（cpDNA）在大多数被子植物中属母系遗传，分子较小、高拷贝、结构简单、保守性强，且没有或很少经历重组，其中的非编码区域变异丰富，适于进行低分类阶元系统起源、发育和进化研究[6]。cpDNA非编码区序列在梨属植物的野生群体和栽培品种的群体结构、系统发生地理学、进化、遗传多样性研究上都有应用[7-13]。本研究从母系遗传的角度出发，对叶绿体非编码区trnL-trnF，trnS-psbC和rbcL区域进行扩增，分析云南省砂梨资源的亲缘关系和遗传多样性。 　　1材料与方法 　　1.1材料 　　19份中国砂梨、2份日本砂梨（丰水、长十郎）、1份川梨（酸罐梨）来自辽宁省兴城市中国农业科学院果树研究所国家果树种质兴城梨、苹果圃。所有材料（表1）的叶片经液氮处理后保存于-70 ℃冰箱备用。 　　1.2方法 　　使用QIGEN试剂盒方法提取总DNA，4对叶绿体通用引物参照常耀军等的试验结果[14][生工生物工程（上海）股份有限公司合成]。对22份材料进行PCR扩增，对扩增产物进行2%琼脂糖凝胶检测，得到清晰的特异性条带后，纯化后交上海美吉生物医药科技有限公司（北京）测序。 　　2结果与分析 　　2.1变异位点鉴别和cpDNA单倍型多样性 　　本试验所用4对引物扩增所涉及的叶绿体DNA序列分别是trnL-trnF（P2、P3）、trnS-psbC（P9）、rbcL（CP03），其中P2、P3引物扩增的是trnL-trnF序列的不同区域。通过MEGA 5.2软件对测序结果进行序列排比，并进行人工校正，序列长度分别为561 bp（trnL-trnF，P2）、448 bp（trnL-trnF，P3）、1 537 bp（trnS-psbC，P9）、1 285 bp（rbcL，CP03），合并后的长度为3 831 bp；多态性位点14个，其中单一突变位点11个，简约信息性位点3个，8 bp（TCAATTAG）的碱基插入/缺失（InDel）1个（表2）。 　　2.2单倍型的中介网络图的构建 　　利用软件NetWork ver 4.6.1.2，采用中介邻接网络算法和最大简约算法分别计算和优化结果，构建试验材料4个 cpDNA 单倍型间的关联图，其中单倍型、中介矢量载体的名称分别为HAP、mv，结果见图1。21个砂梨品种存在3种单倍型：HAP_1、HAP_2、HAP_3，3种单倍型包含的品种数目分别为5、5、11个，2个日本砂梨品种丰水和长十郎及昆明麻、秋白砂、野生砂梨同为H2。川梨品种酸罐梨独有单倍型H4，与其他砂梨品种相比，在trnL-trnF-448区域（P3）中，有长达8 bp的碱基插入-缺失片段（TCAATTAG）。图1显示HAP_2包含HAP_3，位于中介网络图的躯干