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主要作物中PAL基因家族的鉴定和序列分析 　　摘要：苯丙氨酸解氨酶（PAL，phenylalanine ammonia-lyase [EC：4]）存在于各种植物和部分微生物中，是与植物抗病性相关的关键酶，具有重要的植物生理意义。采用BLASTP的方法，依托全基因组数据库，获得了拟南芥[Arabidopsis thaliana （L.） Heynh.]、水稻（Oryza sativa L.）、玉米（Zea mays Linn.）、小麦（Triticum aestivum Linn.）、谷子[Setaria italica （L.） P. Beauv.]、大豆[Glycine max （Linn.） Merr.]6种植物中的PAL基因家族共45条序列，对其进行了系统进化分析、生物信息学分析等。分析结果显示：单子叶植物与双子叶植物分别聚集在不同的分支，说明单子叶植物水稻、玉米、小麦、谷子亲缘关系较近，双子叶植物拟南芥、大豆亲缘关系较近，而单子叶植物与双子叶植物亲缘关系较远，也说明PAL基因的分化在单子叶植物和双子叶植物分化前形成；酸性蛋白质占93.3%，稳定性蛋白占97.8%，有信号肽的蛋白占2.2%，有导肽的蛋白占4.4%，所有蛋白均为有明显跨膜现象的亲水性蛋白；所有PAL基因亚细胞定位于细胞质中，都有蛋白活性位点。分析结果为进一步研究作物中PAL代谢机理提供理论支持。 　　关键词：苯丙氨酸解氨酶；PAL；基因家族；氨基酸 　　中图分类号： Q78文献标志码： A 　　文章编号：1002-1302（2016）06-0045-05 　　苯丙氨酸解氨酶（phenylalanine ammonia-lyase，PAL，EC：4）存在于各种植物和少数微生物中，是目前研究较多的与植物抗病性相关的酶，与植物抗毒素及酚类化合物的形成密切相关[1-2]。PAL不能直接抵御病虫害，但在植物体内通过苯丙烷类途径进一步转化为木质素、黄酮、异黄酮、生物碱等次生代谢产物来增强植株的抗性[3-4]。 　　1961年，Koukol等首次记录了高等植物中PAL酶的提取分离[5]，此后关于这种酶的研究迅速展开，目前PAL已从水稻[6]、小麦[6]等多种植物中得到分离纯化，并对拟南芥[7]、水稻[8]等植物PAL基因进行了cDNA克隆和序列分析。 　　研究发现，不同种植物中PAL活性不同，如水稻叶的PAL活性远比小麦的高[6]。在同一株植物中，不同的组织部位PAL活性也不同，一般来说越嫩的部位PAL活性越高[9]，如杨树PAL活性在正在发育的木质部、嫩茎和嫩叶中最高[10]。免疫细胞化学研究显示PAL合成于栅栏细胞和海绵细胞，主要在细胞质和叶绿体内[11]。组织印迹显示PAL的mRNA常出现在表皮和微管附近的组织细胞中[12]。 　　PAL基因参与复杂的植物防御体系[13]，比如受伤害、病原菌侵染及光照（红光、白光等）时，PAL与植物抗性表现出明显的相关性。玉米大斑病[14]、小斑病[15]、叶斑病[16]，小麦赤霉病[17]，水稻抗UV-B辐射及稻瘟病[18]、大豆疫霉根腐病[19]等的研究中都证实感染病原菌的植物PAL活性增强。 　　在拟南芥中，基因组编码4个PAL基因，分别为PAL1 （AT2G37040）、PAL2（AT3G53260）、PAL3（AT5G04230）、PAL4（AT3G10340）。用过量的Cu处理植物显示PAL活性增加，当同时再增加Si的含量时，PAL1、PAL2、PAL3呈现出相似的基因表达模式，表达水平均降低；而PAL4无论是否增加Si的含量，都没有引起PAL4表达水平降低。说明PAL基因对植物的非生物胁迫有作用，但是4个基因表达模式有区别[20]。 　　本研究以已知PAL基因功能的拟南芥[Arabidopsis thaliana （Linnaeus） Heynhold]的PAL基因为参考，以禾本科（Poaceae）植物水稻（Oryza sativa Linnaeus）、玉米（Zea mays Linnaeus）、小麦（Triticum aestivum Linnaeus）、谷子[Setaria italica （Linnaeus） P. de Beauvois]、豆科植物大豆[（Glycine max （Linnaeus） Merrill]作为研究对象，以其全基因组数据库为依托，通过BLAST的方法获得了这5种植物PAL基因家族的全部序列，通过系统发育分析、理化性质分析、结构分析等生物信息学方法分析PAL基因家族，比较主要作物中PAL基因的特性，为推动主要作物中PAL基因功能研究提供理论支持。 　　1材料与方法 　　1.1数据库搜索 　　从phytozome V9.1[21] （http：//）中搜索得到