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以UMLs语义命题为基础的医学信息资源聚合
第58卷 第3期 2014年2月
以UMLS语义命题为基础的医学信息资源聚合
■ 郭少友 李庆赛
[摘 要]UMLS语义命题是用三元组表示的最小语义化知识单位,其主语和宾语都是 UMLS超级叙词表
中的概念,谓词是UMLS语义网络中的语义关系。UMLS语义命题的抽取过程涉及浅层句法分析、概念映射、谓
词识别与语义命题生成等环节。两种以UMLS语义命题为基础的医学信息资源聚合方法———用知识单元作为
资源单位的聚合方法和用文档关联数据作为资源单位的聚合方法,其聚合结果分别是知识网络和文档网络。
[关键词]UMLS 语义命题 医学信息资源 聚合
[分类号]G203
DOI:10.13266/j.issn.0252-3116.2014.03.016
目前,互联网上存在着大量的医学信息资源。除 概念对之间的关系只有4种,即indications、contraindi
了可按传统方法对其进行整合[1-2],以便用户较容易 cations、adversedrugeffects和otherassociations。
地找到原始资源之外,还可以从文本型医学信息资源 1.1.2 从非结构化资源中抽取事实来实现聚合 Ye
[6]
中抽取一系列知识点并将其有机地组织起来,实现资 Min 提出一种疾病知识存取方法,可从 Web文本资
源的深度整合———聚合,以便用户直接从聚合结果中 源中自动抽取疾病、症状类实体及其关系,并用三元组
找到所需的知识,不必获取其原始资源。 表示成事实后存入知识库,形成语义图。V.Nguyen
[7-8]
等 进一步设计了一个查询器iExplorer,可根据用户
1 相关工作
输入的词语将相关的三元组以可视化的形式展现出
1.1 关于医学信息资源聚合的研究 [9]
来,同时还提供 SPARQL端点。B.Wilkowski 提出可
1.1.1 从非结构化资源中抽取概念来实现聚合 有 用语义工具SemRep从生物医学文献中抽取语义命题,
学者借助于Whatizit、MetaMap等生物医学领域专用的 并据此生成知识摘要。
语义注释系统从文档中抽取概念,通过对抽取的概念 1.1.3 在结构化资源的基础上实现聚合 B.MacKel
[3] [10]
进行组织来实现资源的聚合。如R.Berlanga等 提出 lar等 提出了一种临床试验知识语义化整合方法,用
通过多维语义空间聚合生物医学资源的方法,该方法 UMLS系统来规范关联开放数据云 LOD中的医学概
首先利用UMLS(UnifiedMedicalLanguageSystem)系统 念,从而建立不同医学数据源之间的关联关系,形成一
产生多维语义空间,然后利用 MetaMap对文档进行语 个用RDF三元组表示的、集成化的临床试验知识库。
义注释,将注释后的结果连同文档本身映射到多维语 [11]
李亚子等 借用UMLS的语义网络构建顶层本体,建
[4]
义空间里;J.Jones等 提出一种基于本体和UMLS术 立疾病知识与UMLS语义类型之间的映射关系,并对
语集的临床信息聚合框架,从医学报告中抽取医疗事
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