单拷贝核基因在昆虫分子系统学中应用.docVIP

单拷贝核基因在昆虫分子系统学中应用 　　摘 要 单拷贝核基因(single-copynuclear gene，scnDNA)是指基因组中拷贝数目少，只有1个或几个拷贝的核基因，大多数是属于生物体内组成型表达的持家基因。单拷贝核基因是分子系统学中的一种极有价值的分子标记，在构建生命树的主干及主干和末梢之间的中间分枝中将起极其重要的作用。文章主要介绍了单拷贝核基因在昆虫分子系统学中的应用情况、一些单拷贝核基因的特点以及应用单拷贝核基因研究昆虫分子系统学时存在的问题及注意事项。 　　关键词 单拷贝核基因，昆虫，分子系统学 　　自上世纪90年代初以来，分子数据已成为建立生物类群之间系统发育关系的最主要手段，解决分类地位有疑问的分类单元的最有力性状，推测类群分歧时间的主要依据。分子系统发育成为研究生物性状进化、物种形成与分化、生物地理分布等领域科学问题的公共平台，形成了系统发育生物学(phylogeneticbiology)的研究范式。 　　在分子系统学历史上，核糖体DNA(rDNA)和线粒体DNA(mtDNA)是应用最广泛的两类分子。然而没有任何一种DNA分子可适用于所有阶元的分子系统学研究。当前分子系统学研究领域迫切需要一些有独立遗传特征，进化速率中等的基因，以便进行从科到纲的中层阶元之间的系统发育关系的研究。 　　 　　1 单拷贝核基因简介 　　 　　单拷贝核基因(single?copy nuclear gene，scnDNA)是指基因组中拷贝数目少，只有1个或几个拷贝的核基因，大多数是属于生物体内组成型表达的持家基因。 　　单拷贝核基因主要编码蛋白质，其序列含有系统发育信息，且大部分是以点突变的方式存在，具有中等程度的进化速率和适合系统发育分析的基因结构。特别是，在基因组中这些基因只有1个或很少的拷贝，从而使它们之间的同源关系易于确定；并且这些基因没有使序列比对和分析变得复杂的内部重复和明显的核苷酸偏向性。这些特征使得单拷贝核基因特别适合于研究中层分类阶元系统发育关系。 　　单拷贝核基因是分子系统学中一种极有价值的分子标记，在构建生命树的主干及主干和末梢之间的中间分枝中将起极其重要的作用。 　　 　　2 昆虫单拷贝核基因的数量与分布 　　 　　基因组学研究取得的成就已经为估计动物基因组中单拷贝基因的数量和分布提供了依据。2001年发表的人类基因组的测序和初步分析中，对真核生物的主要代表(酿酒酵母、秀丽隐杆线虫、果蝇)的单拷贝直系同源基因进行了初步分析，共识别了1 308组蛋白，其中包括3 129个人蛋白，1 445个果蝇蛋白，1 503个线虫蛋白和1 441个酵母蛋白。这1 308组蛋白代表了一个保守核心，主要负责基本的细胞“持家”功能，包括代谢、DNA复制、修复和翻译。这1 308组蛋白中有564组蛋白是直系同源(无另外的并系同源)，即在人、果蝇、线虫和酵母中具有1―1―1-1的对应关系。随后通过对黑尾果蝇 Drosophila melanogaster 和冈比亚按蚊Anophelesgambiae的比较基因组学分析发现：在这2种昆虫中具有1―1直系同源的蛋白数量为6089个，分别占已识别蛋白总数的44％和47％，这些直系同源蛋白非常保守，组成的保守核心承担了基本的生物学功能。 　　 　　3 昆虫分子系统学中常用的单拷贝核基因 　　 　　Ffiedlander等介绍了他们认为可应用于系统发育分析的14种候选单拷贝核基因，后又进一步介绍了另外5种单拷贝核基因；Brower等及Graybeal对一些单拷贝核基因用于系统发育分析的可行性进行过综述；Caterino等对该种基因在昆虫分子系统学中的应用作过全面总结，指出已有45种单拷贝核基因在昆虫分子系统学中得到应用。表1将扼要介绍近年来一些常用单拷贝核基因在昆虫及节肢动物高级分类阶元分于系统学研究中的应用情况。 　　 　　4 五种重要的单拷贝核基因的特点及应用情况 　　 　　4．1 ddc(Dopadecarboxylase，多巴脱羧酶) 　　ddc能催化多巴向多巴胺的转化，在各种动物类群和动物的各种组织类型中都已经被发现。编码这种酶的基因只有1个拷贝，它有许多优势可用于系统发育研究：它的编码区足够大(1 400bP)，可提供大量信息；在鳞翅目昆虫(蛾和蝴蝶)中，它们的序列内部无重复；核苷酸和氨基酸组成相对稳定；在编码区替换很普遍；序列比对不需要空位。ddc可较好地重建动物类群在目和门阶元的关系，也可用于亚科、族等较低分类阶元，并可解决第三纪早期和白垩纪的分歧事件。目前该基因已被应用于鳞翅目。 　　 　　 　　4．2 EF-1α(elongation factor-1α，延伸因子1α)和EF-2(elongationfactor