扎伊尔型埃博拉病毒GP蛋白生物信息学分析.docVIP

扎伊尔型埃博拉病毒GP蛋白生物信息学分析 　　摘 要：为了进一步掌握扎伊尔型埃博拉病毒GP蛋白基本特性，文章运用生物信息学的一些专业在线分析软件，选取序列号为AKG65268.1的GP蛋白序列数据作为研究对象，进行了深入的生物信息学分析。主要内容包括对该蛋白的理化性质、亚细胞定位、蛋白功能和二、三级结构等方面进行的分析。希望能够通过利用生物信息学方法，挖掘更多GP蛋白数据信息，获得一些病毒同源性及病毒与受体互作的线索，从而进一步探索该病毒进化发展及起源的可能。 　　关键词：埃博拉病毒；GP蛋白；生物信息学；扎伊尔型；数据库 　　中图分类号：S852.65 文献标志码：A 文章编号：2095-2945（2018）13-0028-02 　　Abstract： In order to further grasp the basic characteristics of Ebola-Zaire Virus （ZEBOV） GP （Glycoprotein）， the GP （Glycoprotein） sequence data with sequence number of AKG65268.1 was selected as the research object using some professional online analysis software of bioinformatics， and a further bioinformatic analysis was carried out. The main contents include the analysis of physicochemical properties， subcellular localization， protein function and secondary and tertiary structures of the protein. It is hoped that through the use of bioinformatics， we can mine more data of GP （Glycoprotein） and obtain some clues of virus homology and interaction between virus and receptor， so as to further explore the possibility of evolution and origin of the virus. 　　Keywords： Ebola virus； GP （Glycoprotein）； bioinformatics； Ebola-Zaire； database 　　1 概述 　　埃博拉病毒（Ebola virus，EBOV）是一?N能导致灵长类动物患出血热疾病的致命性病毒，该病毒可分为多种类型，其中扎伊尔型埃博拉病毒的致死性最高。目前，多个埃博拉病毒株系的基因组都已完成测序[1]。GP蛋白（Glycoprotein）是埃博拉病毒包膜的唯一糖蛋白，参与受体结合和介导病毒进入。本研究期望通过对GP蛋白进行深入分析，从而进一步探索该其进化发展及起源的线索[2]。 　　2 研究方法 　　2.1 主要步骤 　　首先从Genbank数据库下载典型的GP蛋白序列数据，其次运用生物信息学在线软件较为全面的分析GP蛋白的性质、结构及功能，最后归纳总结分析结果并结合文献开展分析讨论。 　　2.2 扎伊尔型埃博拉病毒GP蛋白氨基酸序列信息的获取 　　扎伊尔型埃博拉病毒GP蛋白的氨基酸序列下载自Genbank数据库，登录号（Accession）为AKG65268.1[3]，共有676个氨基酸[1]。 　　2.3 扎伊尔型GP蛋白生物信息学分析方法 　　本研究参考类似研究方法[4]，选用了ProtParam、CDD、PSORT II等十种在线分析预测软件，分别对GP蛋白进行了生物信息学分析。 　　3 在线预测结果与分析 　　3.1 一级结构及理化性质预测 　　利用ExPASy ProtParam在线软件分析GP蛋白一级结构及理化性质。结果显示该蛋白含原子10375个，组成式为C3298H5127N919O1015S16，相对分子质量74404.5。共有676个氨基酸，其中丙氨酸最多，50个，占7.4%。负电荷氨基酸70个，正电荷氨基酸64个。理论预测等电点6.30，中性偏酸，带正电荷。GP蛋白在280nm波长下水溶液（M-1cm-1）中的摩尔磷消光系数为101590（全胱氨酸）或100840（全半胱氨酸）。在哺乳动物网状细胞中半衰期为30h，指示该蛋白在细胞中稳定。总平均亲水性指数为