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挪威云杉EST资源SSR信息分析 　　摘要对挪威云杉EST序列的SSR 进行研究，结果表明：4 164条无冗余EST序列中，SSR的出现频率是7.39%，其平均分布频率为7.35 kb，平均长度为15.39 bp；三、四核苷酸是主要的重复类型，二者出现的频率占总SSR的73.29%；AG/CT、AGG/CCT 、AAAG/CTTT分别是二、三、四核苷酸中的优势重复类型。 　　关键词挪威云杉；EST；SSR 　　中图分类号 S791.189 文献标识码A文章编号 1007-5739（2011）08-0185-02 　　 　　AnalysisonSSRinESTofPiceaabies 　　CHENG Xiao-maoZONG Yuan-yuanHUANG Xiao-xia * 　　（Faculty of Landscape Architecture，Southwest Forestry University，Kunming Yunnan 650224） 　　AbstractSSR in EST of Picea abies was studied.The results showed that SSRs accounted for 7.37% in 4 164 non-redundant ESTs. The average distribution distance and length of the EST-SSRs were about 7.35 kb and 15.39 bp，respectively；Trinucleotide and tetranucleotide were the major types，accounting for 73.29% of all the SSRs；AG/CT，AGG/CCT and AAAG/CTTT were the dominant motifs for dinucleotide，trinucleotide and tetranucleotide repeats，respectively. 　　Key wordsPicea abies；EST；SSR 　　 　　云杉属（Picea）植物主要分布于北半球，是寒温带北方针叶林区分布最广且最具代表性的特征种。云杉由于单位面积年生长量大、材积高、木材品质好，用途广泛，已成为欧洲、俄罗斯和加拿大等地区重要的生态林与工业用材林树种。在我国长江和黄河两大水系的源头地区，云杉在涵养水源和生态环境建设中具有不可替代的重要作用[1]。挪威云杉（Picea abies）又名欧洲云杉，是欧亚大陆西部寒温带针叶林的主要建群树种之一。我国自1936年引种至庐山植物园，因其适应性强，在长江以北地区已有栽培[2-3]。挪威云杉因具有树干高大通直、耐寒性强、材质硬、重量轻、颜色浅、纹理细密、质地均匀、纤维长等优点而用途广泛，是瑞典的三大造林树种之一[4]。 　　目前，已有多种以云杉为材料的分子标记方法，包括简单串联重复（SSR）[1，5]、扩增片段长度多态性（AFLP）[5]、随机扩增长度多态性（RAPD）[5-8]等。其中，SSR标记具有多等位性、数量丰富、共显性、多态性高、重复性高和对基因组有很好的覆盖性等特点[9]而受到研究者的青睐。SSR标记分为EST-SSR和基因组SSR，传统的基因组SSR标记开发需要构建文库、挑选阳性克隆、测序和引物设计等步骤，开发成本高且费时耗力[10]。近年来，随着测序技术的飞速发展，海量EST序列被提交到公共数据库中，研究者可以根据需要利用公共数据库中的EST序列开发自己感兴趣物种的EST-SSR标记。目前，水稻[11]、橡胶[12]、辣椒[13]、棉花[14]等作物相继开展了EST-SSR标记的开发及其应用方面的工作，国内外尚无挪威云杉EST-SSR分子标记的相关研究报道。截至2010 年7月16日，NCBI dbEST数据库中已有14 224条挪威云杉EST。为明确挪威云杉EST-SSR发生的特点和频率，该研究全面分析现有挪威云杉EST中的SSR信息，为进一步建立EST-SSR标记和探索其在挪威云杉中的应用奠定基础。 　　1材料与方法 　　1.1挪威云杉EST序列的来源 　　挪威云杉EST序列来自美国国家生物技术信息中心（NCBI）（http：//www.ncbinih gov/entrez/query.fcgi），共计14 224条，以FASTA格式保存这些序列（2010年7月16日）。 　　1.2EST前处理 　　除去长度小于100 bp的EST序列以及5’端的polyT或3’端的polyA（采用EST-trimmer软件）。 　　1.3EST冗余处理 　　通过CAP3软件对前处理后