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棉花品种SSR标记变性与非变性PAGE检测法比较研究 　　摘要：本研究以12份棉花品种为材料，用三对多态性丰富的SSR引物对变性和非变性PAGE检测法进行比较分析。结果表明，两种检测方法鉴定单株个体基因型的类型一致；变性PAGE检测法检测结果清晰，但操作过程繁琐；非变性PAGE检测法操作相对简单、检测通量高，更适用于材料的高通量检测分析。 　　关键词：棉花；SSR；聚丙烯酰胺凝胶电泳；银染 　　中图分类号：S562文献标识号：A文章编号：1001-4942（2017）11-0131-03 　　Comparison of Denatured and Non-Denatured 　　PAGE Detection Method on Cotton SSR Markers 　　Liu Guodong， Wang Furong， Zhang Chuanyun， Chen Yu， Zhang Jingxia， Du Zhaohai， Zhang Jun 　　（Cotton Research Center of Shandong， Jinan 250100，China） 　　AbstractThree SSR primer pairs with high polymorphism and 12 cotton varieties were used to comparatively analyze the denatured and non-denatured PAGE detection methods. The results indicated that the type of individual genotype which was identified by the two detection methods was consistent. The testing results of denatured PAGE were more clear， but its operation process was complex. The operation process of non-denatured PAGE was simple and it had high test flux， which was more suitable for high throughput detection analysis. 　　KeywordsCotton； SSR； PAGE； Silver staining 　　SSR（Simple Sequence Repeat）又称简单序列重复，均匀地分布在整个真核生物基因组中，具有共显性、多态性丰富等优点，是构建DNA指纹图谱、研究群体遗传学、进行分子标记辅助育种的理想工具。SSR标记技术是目前最为成熟的DNA检测技术，具有灵活、简便、成本低的优势。目前，最常用的SSR检测方法主要是变性PAGE银染检测法和非变性PAGE银染检测法。变性和非变性PAGE检测法在检测微卫星产物方面各有优劣，许多学者在比较两种检测方法时都发现在非变性胶中存在较多非特异性条带[1-4]。但两种检测方法有何异同点和选择何种方法进行SSR分子检测效果更好等问题一直是困扰分子标记检测研究者的主要问题。本试验选用12个棉花品种及三对多态性丰富的SSR引物，对变性与非变性PAGE银染检测法进行比较分析，为合理有效利用两种电泳检测方法提供参考。 　　1材料与方法 　　1.1试???材料 　　本试验所用12个棉花品种为山东省区试棉花品种。选用三对多态性丰富的SSR引物（NAU1102、NAU3254和NAU3995）进行棉花品种的分子标记基因型分析，引物由英潍捷基（上海）贸易有限公司合成。 　　1.2试验方法 　　1.2.1DNA提取将单粒棉种浸泡至种皮松软后剥掉种皮，放入2 mL离心管中，加入700 μL裂解缓冲液（成分：2% CTAB，0.02 mol/L EDTA，1.4 mol/L NaCl，0.1 mol/L Tris-HCl，2% PVP，1% β-巯基乙醇）研磨。65℃水浴20 min，加入等体积酚∶氯仿∶异戊醇（25∶24∶1），混匀至不分层，12 000 r/min离心8 min，取上清，重?统樘嵋淮稳∩锨澹?加入0.7倍体积异丙醇，混匀至DNA成团析出，70%乙醇洗涤DNA沉淀1次，无水乙醇洗涤1次，晾干后加入200 μL双蒸水，待充分溶解后备用。 　　1.2.2PCR扩增PCR扩增反应体系：10 μL反应液中包括10×PCR buffer 1.0 μL， 10 mmol/L dNTP Mix 0.2 μL，正、反向Primer（10 μmol/L）各0.6 μL， 5 U Taq