网上医学数据库 GenBank 一、基因库GenBank概述 GenBank是美国国立研究院(NIH)、美国国立医学图书馆(NLM)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)于1982年建立的核酸序列数据库,免费提供所有公开发表的核酸和蛋白质序列及其生物学注释和书目文献等信息。它与日本DNA数据库(DDBJ)、欧洲分子生物实验室(EMBL)合作,形成国际核酸序列数据库协作体,每天交换数据,实行数据共享。 基因库的数据来源 P289 从科学出版物中搜集核酸序列 科学家直接发送的数据:通过基于WWW的专门投稿软件,如:BankIt和Sequin。 测序中心以ESTs成批发送的数据。 与其它核酸序列数据库之间的数据交换 美国基因数据库——GenBank 基因库数据增长非常快,据统计,目前DNA序列正以每年2.1亿多个碱基对的速度加入到数据库中,至2001年2月美国基因库GenBank已有117亿个碱基对,1千万条序列的记录。 / 二、GenBank的检索 搜索GenBank GenBank检索页面 三、BLAST序列类似性检索 Basic Local Alignment Search Tool 碱基局部对准检索工具 BLAST BLAST的应用 确定直系同源序列或旁系同源序列。如当一个新的细菌基因组被测序后,几千种蛋白质被确定,其中有多少蛋
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