基于16SrDNA序列的4株假单胞菌属细菌的分子鉴定-江苏农业科学.PDF

江苏农业科学　２０１３年第４１卷第６期 — ３１— 谭凤霞，柴　毅．基于１６ＳｒＤＮＡ序列的４株假单胞菌属细菌的分子鉴定［Ｊ］．江苏农业科学，２０１３，４１（６）：３１－３５． 基于１６ＳｒＤＮＡ序列的４株假单胞菌属细菌的分子鉴定 谭凤霞，柴　毅 （长江大学动物科学院，湖北荆州４３４０２５） 　　摘要：对分离自养殖水环境的４株假单胞菌属细菌的１６ＳｒＤＮＡ序列进行ＰＣＲ扩增并测定其核酸序列，在 Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中通过ＢＬＡＳＴ查找其同源序列，应用ＭｅｇＡｌｉｇｎ软件中的ＪｏｔｕｎＨｅｉｎ、ＣｌｕｓｔａｌＶ、ＣｌｕｓｔａｌＷ３种方法进行序列差异 和同源性分析，分别使用Ｍｅｇａ４．０软件中的邻接法（Ｎ－Ｊ）、最小进化法（ＭＥ）、最大简约法（ＭＰ）、非加权组平均法 （ＵＰＧＭＡ）构建系统发育树。３种序列分析方法结果显示，由ＪｏｔｕｎＨｅｉｎ法可知，菌株 Ｔ与菌株 Ｔ序列相似度最高为 ３ ６ ９８５％，菌株 Ｔ与Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ．Ｎ９－１序列相似度最高为９９．１％，菌株 Ｔ与Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ．Ｎ９－１序列相似度 ４ ５ 最高为９９．６％，菌株Ｔ与ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐｕｔｉｄａＫＦ７０３及菌株 Ｔ序列相似度最高为９９．１％；由ＣｌｕｓｔａｌＶ法可知，菌株 ６ ５ Ｔ与Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ．Ｎ９－１序列相似度最高为９７．０％，菌株 Ｔ与ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐｌｅｃｏｇｌｏｓｓｉｃｉｄａＳ２１、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ． ３ ４ Ｎ９－１及菌株 Ｔ序列相似度最高为９７．７％，菌株Ｔ与ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐｌｅｃｏｇｌｏｓｓｉｃｉｄａＳ２１序列相似度最高为９８．９％，菌 ５ ５ 株Ｔ与菌株Ｔ序列相似度最高为９７．２％；由ＣｌｕｓｔａｌＷ法可知，菌株Ｔ与Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ．Ｎ９－１序列相似度最高均 ６ ５ ３ 为９７．７％，菌株 Ｔ与ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐｌｅｃｏｇｌｏｓｓｉｃｉｄａＳ２１序列相似度最高为９９．３％，菌株Ｔ与Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐｌｅｃｏｇｌｏｓｓｉｃｉｄａ ４ ５ Ｓ２１序列相似度最高为９９．６％，菌株Ｔ与Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ．Ｎ９－１序列相似度最高为９７．９％。４种方法构建的系统发 ６ 育树基本一致，可初步确立４株菌株的分类地位：菌株 Ｔ 与Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ．Ｇ５３亲缘关系最近，菌株 Ｔ 与序列 ３ ４ Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ．Ｎ９－１以及Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ．ＷＰ６亲缘关系最近，菌株Ｔ与Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｐ．３－３（２０１０）亲缘关系最 ５ 近，菌株Ｔ与ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐｌｅｃｏｇｌｏｓｓｉｃｉｄａＳ２１亲缘关系最近。 ６ 　　关键词：假单胞菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）；１６ＳｒＤＮＡ；分子鉴定 　　中图分类号：Ｓ９１７．１　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１３）０６－００３１－０５ 　　假单胞菌属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）是