草鱼α-淀粉酶基因5侧翼序列研究-渔业资源专业论文.docxVIP

摘 摘 要 摘 要 α-淀粉酶是生物获取能量所需要的重要酶类，在江河生态系统中，鱼类由不 同的食性构成食物链体系，不同鱼类的能量获取途径不同，但进化过程中却保持 着相似的 α-淀粉酶基因序列；研究鱼类 α-淀粉酶基因的表达调控序列，对揭示 鱼类食性功能群机制具有意义。 本研究应用染色体步移方法，克隆获得草鱼的 α-淀粉酶基因 5?侧翼序列，长 度为 2, 063 bp。使用网络生物信息学预测软件对草鱼 α-淀粉酶基因的 5?侧翼序列 进行分析，预测草鱼 α-淀粉酶基因的启动子区域位于-252～-2 bp 处；草鱼 α-淀 粉酶基因转录起始位点（TSS）处于起始密码子（ATG）上游 30 bp 处；预测的 草鱼 α-淀粉酶基因启动子区域包含有基本的启动子结构元件：TATA 盒和 CAAT 盒。转录因子结合位点分析显示，草鱼 α-淀粉酶基因 5?侧翼-385 bp 位点存在 HNF3 调控元件，序列为：“5-TTTTTTTGT-3”；另外，还发现有 5 个 GR 调控元 件，其中有一个具有回文结构，序列为“AGT TCTt gt t gtT GT TCT ”，可能具有 应答糖皮质激素诱导的作用。 采用相同的方法，克隆得到鱤、鲮和广东鲂 α-淀粉酶基因 5?侧翼序列，长度 分别 2, 268 bp、1, 635 bp 和 2, 037 bp。草鱼、鳡、鲮和广东鲂代表珠江淡水鱼不 同食性鱼类，初步研究发现，它们的 α-淀粉酶基因 5?侧翼序列中，位于起始密码 子至 5?端上游约 240 bp 区域的序列高度保守，提示鲤科鱼类中，起始密码子至 上游约 240 bp 区域是调控该基因表达的基本功能单位。α-淀粉酶基因 5?侧翼序列 240 bp 以上的上游区域序列差异较大，可能与不同食性鱼类的 α-淀粉酶基因表达 差异相关，可能是不同食性鱼类的 α-淀粉酶基因表达调控差异的关键序列。 α-淀粉酶基因 5?侧翼序列构建的进化树结果显示，鲤形目的五种鱼类为一枝， 鲈形目的聚为一枝；河鲀的三个拷贝基因为一枝。提示 α-淀粉酶基因 5?侧翼序列 的分化机制在不同目和科的鱼类之间有着不同的模式。 由获得的 α-淀粉酶基因外显子部分构建的系统进化树反映了 α-淀粉酶的进 化亲缘远近关系。同为鲤形目的草鱼、斑马鱼和胭脂鱼聚为一类；鲽形目的半滑 舌鳎和美洲鲽聚为一类；鲈形目的斜带石斑鱼、真鲷、太平洋黑鲔、尖吻鲈、鳜 聚为一类，鲈形目中淡水鱼的鳜聚为一类，其余四种咸水鱼聚为一类。进化树的 结果表现为鱼类 α-淀粉酶基因在进化序列上的差异整体与传统形态学分类属性 相一致。 克隆得到的草鱼 α-淀粉酶基因的内含子间隔外显子规律遵循“GT-AG”规 I 则，并且内含子序列碱基组成的 AT%明显高于外显子。获得的草鱼 α-淀粉酶基 因外显子部分长度为 417 bp，推导的 α-淀粉酶氨基酸序列中包含有 2 个 α 螺旋 和 3 个 β 折叠，以及 3 个形成二硫键的 Cys 位点。 关键词：草鱼；α-淀粉酶基因；5?侧翼序列 II Abst Abstract PAGE PAGE VI Abstract Α-amylase is an importance enzyme to obtain energy for the biological. In the river ecosystem, food chain system was constituted by the different feeding habits fish, access to energy in different ways to different fish. However, in the process of the evolution, the fish α-amylase gene sequence maintained the similarity. The studies of the α-amylase gene expressed sequence, is significance to reveal the mechanism of the functional groups of fish feeding. 5??flanking sequence of grass carp alpha amylase gene, length of 2, 063 bp, was gotten by cloned with chromosome walking method. Using network bioinformatics prediction software analyzing alpha amylase gene 5??flanking sequences o