草鱼亲子亲子关系的微卫星鉴定-水产养殖专业论文.docxVIP

上海海洋大学硕士学位论文 上海海洋大学硕士学位论文 II II 未知时，单个亲本排除率（E-1P）介于 0.342-0.668，平均值为 0.52；当一个亲本 基因型已知时，另一个亲本的排除率（E-2P）介于 0.521-0.802，平均值为 0.681； 一对亲本组合的亲子排除率（E-PP）介于 0.711-0.937，平均值为 0.847。模拟分 析显示使用这 7 对引物，在亲本数为 452 的情况下仍然可以得到良好的鉴定效果。 2. 亲子鉴定与聚类分析 利用 7 个微卫星标记（H165、H118、H148、H137、H57、H81、4703）检测 了 5 个草鱼家系的亲本（F0）及其子代（F1）的基因型，据此基因型数据以及前 文中随机个体的基因型数据，从亲子关系排除率、鉴别率、置信度等方面评估微 卫星标记做亲子鉴定的可行性。以 95%的置信水平和 100%的鉴定率为标准，进行 模拟分析结果是：H165、H118、H148、H137 等 4 个微卫星标记可以做 10 个已 知性别亲本或 4 个未知性别亲本的亲子鉴定；以上四个标记依次累积地加上微卫 星标记 H57、H81、4703 后，分别可以做 60、194、452 个已知性别亲本或 22、 109、243 个未知性别亲本的亲子鉴定。实验验证结果是：标记 H165、H118、H148、 H137 不变，逐渐增加亲本数量时，鉴定结果的错误率逐渐升高，直至增加到 78 个亲本时，错误率大于 0.05，已不能满足亲子鉴定时假设的 95%的置信度；不同 亲本数量条件下，未能确定亲本的子代个体基本相同，从而计算出的实际鉴定率 随亲本数量增加变化不大。结论是：以 93.71%的鉴定率和 95%的置信度为标准， 采用标记 H165、H118、H148、H137 即可在有 50 个未知性别亲本的情况下做亲 子鉴定，足以满足多数的家系同塘繁育的实验需求。使用 Popgene version 1.32 分 别计算 5 个家系内同胞个体间的遗传距离并做了聚类分析，统计其值域，得到同 胞个体间的遗传距离分布在 0.1506-0.967 之间，若两个体的遗传距离不在这个范 围内，则它们很可能不属于同胞关系。 关键词：草鱼，亲子鉴定，微卫星，亲子排除率 III III The parentage assignment of Grass carp （Ctenopharyngoclon idellus） using microsatellite markers Abstract Grass carp(Ctenopharyngodon idella) is an important kind of freshwater fish farmed a lot in China which belongs to Cyprinidae, Leuciscus, Ctenopharyngodon. The grass carp was farmed before 1700 years. The natural distribution of Grass carp is China, Russia and Bulgaria and it has been introduced to 93 countries. In China grass carp mainly distributed in three major river systems containing Yangtze, Pearl River and Heilongjiang . As a freshwater fish with the largest annual production and many farming areaes, grass carp still has no genetic improvement variety. Since 2010 members in our lab has been committed to the breeding work of grass carp with fast growth rate. At present, we have developed a number of microsatellite markers associated with growth traits. To promote the domestication process, select parents with good growth character, find good combinations of wild populations from different areas, breed a new