(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer50、Endno.ppt

DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍 DNAMAN DNAMAN是美国Lynnon Biosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。该软件是所有生物信息学研究人员所必备的，强烈推荐使用!! 专题讲座（一） DNAstar DNAstar软件，即著名的Lasergene Suite，功能主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探针）。由EditSeq 、MegAlign、GeneQuest 、MapDraw 、PrimerSelect 、Protean 、SeqMan II七个模块组成。 专题讲座（一） Primer Primer是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。 专题讲座（一） EndNote EndNote 是THOMSON 公司推出的最受欢迎的一款产品，是文献管理软件中的佼佼者。其具有海量文献信息的管理、全文管理、笔记管理、自动编排论文或书籍的参考文献、利用杂志全文模版撰写论文、统计与分析等功能，强烈推荐！！！ 养成良好的阅读习惯，不管做实验还是写文章将会事半功倍。 专题讲座（一） DNAMAN功能很多，这里我们主要讲以下几个常用功能： 序列形式的变换 DNA序列的限制性酶切位点分析 序列比对分析 专题讲座（一） 专题讲座（一） 打开DNAMAN会出现如下界面 主菜单栏 浏览器栏 工具栏 载入序列的方法： 主菜单栏⇒文件⇒打开⇒选择要载入的序列 主菜单栏⇒文件⇒新建⇒直接将序列复制过来 主菜单栏⇒序列⇒载入序列⇒选择要打开的文件类型⇒选择相应的要打开的文件 专题讲座（一） 序列格式转换 载入序列 主菜单栏⇒序列⇒显示序列 专题讲座（一） 专题讲座（一） 寻找酶切位点 载入序列 主菜单栏⇒限制性酶切⇒限制性酶切分析 专题讲座（一） 专题讲座（一） 专题讲座（一） 序列比对 主菜单栏⇒序列⇒比对⇒多重序列比对 工具栏⇒多重序列比对 专题讲座（一） 专题讲座（一） 专题讲座（一） DNAstar功能强大，这里主要讲EditSeq。 专题讲座（一） file ⇒open 专题讲座（一） 选择所需的序列⇒Set Ends ⇒输入序列起始和终止位点 专题讲座（一） 该命令用来去除5’和3’端污染序列 寻找开放阅读框：打开序列⇒search ⇒Find ORF 专题讲座（一） 点击Find Next 专题讲座（一） DNA序列翻译：找到开放阅读框后选择Goodies ⇒Translate DNA 专题讲座（一） 引物设计以及Primer5.0的使用 引物设计的原则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对各基因相同的序列就是该基因的保守区。 专题讲座（一） 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq 酶进行反应。 3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值在55－80℃之间，最好接近72℃。 4.引物3′端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。 专题讲座（一） 5.引物3′端不能选择A，最好选择T。 引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。 6. 碱基要随机分布。 引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。 专题讲座（一） 7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自