一种改进的蛋白质网络全局比对算法研究.PDFVIP

———————————————————————————————————————————————— 一种改进的蛋白质网络全局比对算法研究 作者 李鹏，罗爱静，闵慧 机构 中南大学 湘雅三医院；中南大学 医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室；湖南中医 药大学 信息科学与工程学院；湖南信息职业技术学院 计算机工程系 DOI 10.19734/j.issn.1001-3695.2018.05.0502 基金项目 国家社会科学基金重点资助项目（17AZD037）；国家重点研发项目（SQ2017YFC170323） 预排期卷 《计算机应用研究》2020 年第37 卷第1 期 摘要 蛋白质网络比对在寻找不同物种同源性的关系、蛋白质功能预测和保守功能模块挖掘等方面 具有十分重要的生物学意义。针对现有的网络全局比对算法的不足，提出一种改进的蛋白质 网络全局比对算法(IGA-PPIN)。首先，根据待比对的蛋白质网络的分层聚类结果来计算蛋白 质的同源得分，并将序列信息、局部和全局网络拓扑信息均考虑在内计算蛋白质的拓扑得分， 将两者结合后作为蛋白质比对得分；然后利用匈牙利算法和比对得分计算两个 PPIN 中蛋白 质的最优匹配；最后以初始比对结果为指导，采用迭代策略使仍然存在的进化保守相互作用 的数量最大化。利用多种基准数据进行的仿真实验结果表明，IGA-PPIN 在精度、召回率等多 种功能一致性指标上的性能要优于GHOST、MAGNA++、NETAL、HubAlign 和L-GRAAL 等 最新算法。 关键词 蛋白质网络比对；匈牙利算法；比对得分；迭代策略；功能一致性指标 作者简介 李鹏（1983-），男，湖南泸溪人，博士（后），主要研究方向为生物信息学 中医药大数据 ､ （lpchs617@）；罗爱静（1962-），女（通信作者），湖南安乡人，教授，博导，主 要研究方向为医药信息管理 卫生信息管理 医药信息检索；闵慧（1986-），女，湖南湘潭人， ､ ､ 硕士，助教，主要研究方向为生物信息学 大数据分析． ､ 中图分类号 TP399 访问地址 /article/02-2020-01-061.html 投稿日期 2018 年5 月20 日 修回日期 2018 年9 月4 日 一种改进的蛋白质网络全局比对算法研究 ———————————————————————————————————————————————— 发布日期 2018 年11 月5 日 引用格式 李鹏, 罗爱静, 闵慧. 一种改进的蛋白质网络全局比对算法研究[J/OL]. 2020, 37(1). [2018-11- 05]. /article/02-2020-01-061.html. 37 1 Vol. 37 No. 1 第 卷第 期 计算机应用研究 录用定稿 Application Research of Computers Accepted Paper 一种改进的蛋白质网络全局比对算法研究 *