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驴生长激素基因序列初步剖析 　　摘要：通过对驴（Equus asinus）GH基因序列进行生物信息学分析，结果表明，驴GH基因共包含5个外显子和4个内含子。5个外显子连接形成651 nt的CDS区序列，整个CDS区翻译出216个氨基酸构成的多肽。驴GH基因编码的216个氨基酸中，大多数氨基酸为亲水性氨基酸。原始肽链的前20多个氨基酸序列出现一个典型的疏水峰，为该原始肽链的信号肽片段。驴的GH基因中的氨基酸以亮氨酸所占的比例最高（13.89%，共出现30次），其次为丙氨酸（10.19%，共出现22次），最低的为色氨酸（0.93%，共出现2次）。驴生长激素的编码存在明显的密码子使用偏好。 　　关键词：驴（Equus asinus）；生长激素；生物信息分析；密码子使用偏好 　　中图分类号：Q81 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2015）07-1751-04 　　驴（Equus asinus）属奇蹄目马科马属，广泛分布于世界各地，亚洲数量最多，其次为非洲。中国驴的现存数量居世界首位，多集中在中温带和暖温带气候的西北、华北、西南以及东北的部分地区[1]。随着农业机械化的推进和交通运输业的快速发展，驴作为家畜的地位日益降低，而逐渐向肉用和药用方向过渡。 　　哺乳动物生长激素（Growth hormone，GH）是由脑垂体前叶部分细胞分泌的一种单一肽链的蛋白质激素。GH具有广泛的生理作用，主要是通过刺激肝和其他组织分泌IGF-1来刺激肌原细胞的分化和增殖，并刺激肌肉和其他组织氨基酸的摄入和蛋白质的合成。GH可影响动物机体蛋白质、脂肪和糖类的代谢，对机体各器官和组织具有影响，与机体生长发育密切相关[2]；GH也参与机体的性别分化、性腺类固醇类激素的发生、生殖细胞发生、排卵、妊娠反应和泌乳等过程，对哺乳动物的繁殖也有很重要的影响[3]。因此，GH作为一个在提高动物生长速度、生长性能等方面研究的热点遗传标记已广泛用于家畜和家禽生长发育的机理分析和生产性状的改良，如提高家畜和家禽体重、产毛量、产乳量、饲料转化率和瘦肉率等。 　　在驴GH基因研究方面，朱文进等[4，5]最早对驴GH基因进行测序，克隆了驴GH基因的DNA和cDNA的全序列，并分析了该序列和对应的氨基酸序列的特征及其在不同物种中的遗传差异。朱文进等[6]克隆并分析了德州驴GH基因的DNA序列，认为GH基因在进化上非常保守。关学敏等[7]分析了我国7个家驴品种共174个体GH基因第二内含子的遗传多样性，首次证实驴GH基因内含子2存在多态性。 　　本研究通过对驴的GH基因序列进行生物信息学方面的分析，为进一步对GH基因的表达调控、基因多态性及其与生长速度、生产性能的相关性及分子进化等方面的研究提供必要的基础，以期为合理利用家驴的遗传资源，为培育优质、高效的肉用驴品种提供理论依据。 　　1 材料与方法 　　1.1 数据来源 　　试验所使用的驴GH基因序列来自参考文献[5]。 　　1.2 分析方法 　　采用DNAMAN 7.0软件分析驴GH基因的密码子使用情况以及各氨基酸位点的疏水性。 　　2 结果与分析 　　2.1 驴GH基因基本构成 　　驴GH基因的外显子和内含子的大小构成情况见图1。从图1中可知，家驴GH基因共包含5个外显子和4个内含子。第一个外显子非常小，只有10 bp，这是不包括5′UTR在内的大小，是一个不完整的外显子。第五个外显子序列最长，为201 bp，但也只是到终止密码子出现就结束了，不包括3′UTR，也是一个不完整的外显子。5个外显子在初始mRNA经内含子剪切成熟过程中会连接在一起，形成651 nt的CDS区序列。整个CDS区翻译出216个氨基酸构成的多肽。 　　2.2 驴GH肽链各氨基酸位点疏水性 　　对驴GH基因编码的216个氨基酸进行了疏水性统计分析，结果见图2。从图2中可知，多数位点的疏水性都在0以下，说明大多数氨基酸为亲水性氨基酸。原始肽链的第4位到第24位氨基酸序列出现一个典型的疏水峰，很可能是构成该原始肽链的信号肽片段。 　　2.3 驴GH基因的密码子使用情况分析 　　通过对驴GH基因密码子使用情况进行分析，发现驴GH基因CDS区共翻译出216个氨基酸构成多肽，其中共217个密码子，包含1个终止密码子UAG（图3）。驴的GH基因中的氨基酸以亮氨酸所占的比例最高（13.89%，共出现30次），其次为丙氨酸（10.19%，共出现22次），最低的为色氨酸（0.93%，共出现2次）。 　　从图3可以看出，除了UAA、UGA两个终止密码子未被使用外，亮氨酸的两个密码子（UUA和CUU）、异亮氨酸的两个密码子（AUU和AUA）、缬氨酸的两个密码子（GUU和GUA）、精氨酸的2个密码子（CGU和CGA）、丝氨酸的1个密