高分子链塌缩及流场驱动高分子链迁移穿过微通道过程的耗散粒子动力学模拟-高分子化学与物理专业论文.docxVIP

摘要 摘要 I I 摘 要 外界条件的变化会导致稀溶液中高分子链的性质及动态行为发生一系列变 化。近年来，这一领域一直受到广泛关注。研究这些现象有助于我们理解诸如蛋 白质折叠，生物大分子穿过生物膜上的微通道进入细胞内等重要的生命活动过程 的机理。此外，这些现象在生物工程，工业生产中亦有广泛应用。例如，理解了 蛋白质折叠的机理有助于诊断一系列由于蛋白质错误折叠而导致的病症；可以通 过电场驱动使单链 DNA 穿过微孔道进行测序等。本文采用耗散粒子动力学方法， 分别研究了高分子链塌缩的动态行为，及高分子链在流场的驱动下穿过管径比自 身均方末端距小的细通道的动态行为。 首先，我们研究了高分子链的塌缩过程。在从良溶剂到不良溶剂的淬火过程 中，高分子链会经历“无规线团- 塌缩小球”这一转变过程。随着研究的深入， 人们逐渐认识到流体力学相互作用和溶剂导致的多体效应在这一过程中不可忽 视。这两种效应影响了高分子链的塌缩路径及所需时间。耗散粒子动力学方法是 采用显性溶剂粒子的介观模拟方法。与其他方法相比，该方法的粒子间相互作用 很自然地包含了上述两种效应。通过模拟，我们发现塌缩过程大致可分为 5 个步 骤：局部聚集，局部增大，整体聚集，生成松散的塌缩球，进一步松弛成排列紧 密的塌缩球。我们研究了不同链长的高分子在不同淬火程度下的塌缩过程，发现 这一过程的动态路径遵循“珍珠项链”模型，并不会陷入“香肠”状亚稳态中。 我们还统计了各阶段所需的时间与塌缩程度和链长的标度关系。最后，我们得到 了塌缩的总时间τ c 与淬火程度ξ 和链长 N 的标度关系为τ c ~ ξ ?0.46 N 0.98 。 接着，我们研究了在流场驱动下，高分子链迁移穿过微通道的过程。高分子 链在足够大的流场的作用下沿着流场方向被逐渐拉伸，从而能够穿过管径小于其 自身尺寸的微通道。通过耗散粒子动力学模拟，我们发现这一过程经历了：（1） 靠近微通道管口；（2）进入微通道入口并克服势垒；（3）成功穿过微通道三个步 骤。模拟结果证实了，高分子链穿过微通道的临界流量仅与溶剂本身性质有关， 而与链长或微通道粗细无关；且高分子链通过微通道的概率与流量变化的曲线是 光滑的，这说明高分子链从完全被阻挡到完全可以通过并不是一个突变的过程。 II II 同时，我们的模拟结果还统计了高分子链穿过微通道所需的时间τ 与链长 N，流 量 J 和高分子链刚性 1 λP  的关系。结果发现，当高分子链较长时，τ 与链长 N 呈 线性关系，且随着流量增大而逐渐变短；而 1 λP  越大，刚性越强，τ 越短。 关键词：耗散粒子动力学, 淬火, “无规线团- 塌缩小球”转变, 流场驱动, 高分子 链迁移 Abs Abstract PAGE PAGE IV Abstract The equilibrium properties and dynamics behaviors of polymers in dilute solution undergo various responses to different external changes. In recent decades of years, the extensive investigation in this area is primarily motivated by the intense current interest in the biophysics problems, e.g. protein folding; transport of protein or single-strand DNA through membrane channels. Besides, understanding the fundamental process of these phenomenons has a broad range of potential applications in Biological Engineering, Chemical Engineering and so on. For example, it helps diagnosing some diseases which are caused by mis-folding of related proteins; or it helps rapid DNA sequencing induced by an electric field. In this article, we use Dissipative Particle Dynamics method to investigate “coil-globule” transition and flow