基因芯片关键技术探讨及在肿瘤表达谱中的应用研究-遗传学专业论文.docxVIP

复旦大学硕士学位论文摘要 复旦大学硕士学位论文 摘要 基因芯片技术是一种被用来平行分析大量基因的序列和功能信息的强有力 的工具。目前在各种类型的基因芯片里，应用最广泛的是eDNA芯片，主要用途 是表达谱分析。 杂交动力学和实验结果的可重复性是基因芯片表达谱研究中的十分重要的 研究内容。本文以单基因芯片对DNA芯片的杂交动力学进行了初步的研究。我 们将不同浓度的植物eDNA点在玻片上制成DNA芯片，利用体外转录的方法得 到植物基因的mRNA，然后通过反转录方法把荧光标记到eDNA上，用不同浓 度的荧光标记eDNA对芯片进行杂交，根据结果分析了靶序列和探针浓度变化对 芯片杂交信号产生的影响，并利用多基因模拟芯片分析了不同基因的杂交动力学 特点。此外，本文还利用12800点的高密度芯片进行了2组不同的表达谱实验， 对芯片结果的可重复性做了验证。 ／ f组织来源有限，某些组织RNA含量低等问题阻碍了cDNA芯片的进一步应 用。为了有足够量的mRNA来制备探针，我们建立了一种RNA扩增标记探针方 法。利用mRNA 3’端带有polydA序列的特殊结构，用带有T7启动予的引物Oligo dT(15)．T7 primer作为引物，经过二链合成之后，再利用T7 RNA Polymerase对 T7启动子识别的高度特异性转录出大量的aRNA。用随机引物对其进行反转录 荧光标记，合成探针，应用于芯片杂交。将这种方法与传统的总RNA和mRNA 进行比较，发现三种方法的总体一致性较高。但是在表达谱实验中，一些基因只 能在使用某种方法时特异性地表现出差异表达。 在基因芯片的应用研究中，将芯片用于研究原发性肝细胞癌的表达谱。我们 分析了来自ll例肝癌病人的样本和1例肝血吸虫病人的样本与正常肝组织相比 的基因表达变化。在一半以上的病人组织中都显示差异表达的基因数目总共有 1820条。其中上调的有230条，下调的有1590条。差异表达基因包含了过氧化 物酶体相关基因，免疫相关基因，多环芳香化合物致癌相关基因，细胞生长分化 凋亡相关基因，肿瘤转移相关基因，信号传导相关基因等。 、／ 综上所述，f本文对cD—NA蕊片关键技术进行了探讨并对关键步骤进行了优 化，同时对eDNA芯片在肿瘤研究中的应用进行了初步研究。本文所制备的eDNA 芯片和建立的实验体系准确、有效，能够成功应用在表达谱分析研究中。 复旦大学硕士学位论文Abstract 复旦大学硕士学位论文 Abstract DNA microarray technology is a powerful means often used to analyze the structural and functional information of numerous genes simultaneously．Among all kinds of DNA microarrays，the most widely applied one is eDNA microarrays．The most common application ofeDNA microarrays is gene expression profiling． Dynamics range and result reproducibility are two important issues in the research of applying DNA microarrays to gene expression profiling．The hybridization dynamics of microarray experiments is assessed using microarrays spotted with serial concentrations oftarget gene and hybridized with serial contents of probe．The influences of the concentrations of target genes and probes on the hybridization signals are analyzed based on the results．The hybridization character of different genes immobilized on the same mieroarray is analyzed．The result reproducibility of microarray experiments is validated through two groups of gene expression profiling experime