常规pcr结合cnvplex技术在检测鸡cnvs中的应用研究动物遗传育种与繁殖专业论文.docxVIP

国家自然科学基金资助(3 国家自然科学基金资助(3 1372300)项目 Supported by the National Natural Science Foundation of China (3 1372300) 万方数据 华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文 华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书 学位论文 是否保密 函 如需保密，解密时间 年 月 日 独创性声明 本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究X-作及取得的研究成 果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书 而使用过的材料，指导教师对此进行了审定。与我一同工作的同志对本研究所做的任 何贡献均巴在论文中做了明确的说明，并表示了谢意。 研触鼢径互局 帆砂f红乇月t3-日 学位论文使用授权书 撇黼黼袒至廖别醛名膨娠 签名日期：知『毛年6月弦日 签名日期：沙／多年g月／细 万方数据 常规PCR结合CNVplex技术在检测鸡CNVs中的应用研究目录 常规PCR结合CNVplex技术在检测鸡CNVs中的应用研究 目录 摘要 ．．i ABSTRACT ．．iii 缩略词表(Abbreviations) ．．v l文献综述 l 1．1 CNVs简介 ．1 1．1．1 CNVs的形成和作用机制 2 1．1．2 CNVs的分类和基本类型 3 1．2 CNVs的研究进展 ．4 1．2．1人类CNVs的研究进展 ．．4 1．2．2鸡CNVs的研究进展 一5 1．3 CNVplex技术及其在CNVs中的应用 9 1．4本研究CNVs位点相关基因 9 1．4．1 PCDHAll基因区域拷贝数变异位点 9 1．4．2 PCDHA基因簇 ．．10 1．4．3 PCDHA基因簇的研究进展 一1 1 1．5研究目的和意义 ．．12 2材料与方法 ．．13 2．1材料 l 3 2．1．1实验鸡群与生产性状测定 l 3 2．1．2主要实验仪器和设备 14 2．1．3主要试剂 15 2．1．4常用溶液及其配制 1 5 2．1．5主要分子生物学软件和统计软件 16 2．2方法 ．1 7 2．2．1鸡血基因组DNA提取与检测 一17 2．2．2引物设计 l 8 2．2．3 PCR扩增及产物检测 19 万方数据 华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文2．2．4回收克隆测序 华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文 2．2．4回收克隆测序 20 2．2．5 CNVplex实验原理及实验操作步骤 2l 3结果 ．．25 3．1候选CNVs位点拷贝数统计 ．．25 3．2 02A，05A，14A，14B探针序列SNP的检测 ．．26 3．3 CNVplex技术实验误差的评估 ．．27 3．3．1无SNP实验误差评估 27 3．3．2有SNP实验误差评估 ．．28 3．4 CNVs与蛋用性状关联分析 33 3．4．1 14B位点拷贝数的验证及边界查找 ．33 3．4．2 14BCNV、14ACNV位点拷贝数与蛋用性状的关联分析 ．36 4{寸{仑 ．．40 4．1 CNVplex技术在拷贝数检测中的方法评估 一40 4．2 14BCNV缺失断点边界的研究 ．．4l 4．3 CNVs与蛋用性状相关 42 5结论与展望 ．．45 5．1本研究取得的成果 ．．45 5．2下一步研究计划安排 ．．46 参考文献 ．47 致{射 ．．56 附录 ．58 万方数据 常规PCR结合CNVplex技术在检测鸡CNVs中的应用研究摘要 常规PCR结合CNVplex技术在检测鸡CNVs中的应用研究 摘要 长期进化导致鸡的基因组产生了大量的突变，这些突变对于研究鸡的基因功能 和生物学机制提供了思路。鸡的一些性状，如鸡肉品质，蛋用质，羽色，鸡冠，喙 色等一直是科研人员研究的重点。拷贝数变异(Copy number variations，CNVs)是指 DNA长度在50bp以上的碱基序列的缺失、重复、插入或这些类型的组合形式。相 对于单碱基突变的SNP，CNVs所含有的遗传信息更为丰富，也更有可能改变个体 的基因表达水平进而影响个体的表型。 本研究以本实验室与湖北省欣华生态畜禽有限公司联合培育的隐性白羽矮脚 欣华鸡专门化父本品系第三世代群体的443个个体为实验材料。首先，应用CNVplex 技术对上述群体的17个候选CNVs位点进行拷贝数检测；其次，用常规PCR对 CNVplex检测的结果进行验证和校正，以此评估CNVplex技术在鸡CNVs检测中 的应用前景，并初步摸索出一套结合常规PCR和CNVplex检测鸡CNVs的方法； 最后用校正后的拷贝数与鸡的蛋用性状进行关