急性心肌梗死早期基因表达与代谢调控网络扰动可视化探究.docxVIP

急性心肌梗死早期基因表达与代谢调控网络扰动可视化探究 【摘要】目的应用系统生物学方法，研发一种基于 转录组表达谱的基因网络可视化工具，以直观显示急性心肌 梗死后早期的转录组和代谢调控的整体变化。方法在美国 国立卫生研究中心(NCBI) GEO数据库下载编号为GDS2331 的一个急性心肌梗死后大鼠心脏左心室的基因芯片表达文 件，其平台编号为GPL83O筛选实验时间在15 min, 60 min, 4 h, 12 h, 24和48 h的假手术和急性心肌梗死模型亚组数 据，利用 Mathwork bioinformatics toolbox 工具包将数据 转化为计算机可读的结构体。利用模式识别算法剔除表达背 景噪声；最后获得心肌梗死建模后表达模式扰动最明显的基 因谱。利用K-mean算法对这些基因进行分类，并进行基因 本体分析(gene ontology, G0)o进而将有关通路标定在 京都基因和基因组百科数据库(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)中，形成基因组-表达谱系统 分析。结果共有1400个基因被筛选出来。在损伤后的前48 h,这些基因的变化模式可归为16类。根据可以获得基因本 体分析发现：在生物学过程上，心肌梗死后早期调控发生改 变主要和发育基因相关，其中主要包括蛋白激酶B信号传导 途径，中枢神经系统发育途径，以及cytochalasin B调控 相关途径。在分子功能上，这些功能主要和磷酸化，肌动蛋 白的结合以及核酸的配对解离有关。在细胞成分上，主要与 细胞内外膜相结构之间的联系、高尔基复合体、出胞作用、 以及细胞骨架特别是dynactin complex等结构有关。KEGG 作图标记可显示在分子调控传导路径当中，受到影响的基因 很可能通过该传导通路的上下游分子进行调控。如以肌动蛋 白为核心的细胞骨架信息传导途径的调控中，GF RTK Vav/tiam Rac mlCK Myosin整个调控途径中的分子都有相 同的调控模式。结论利用系统生物学技术可以实现急性心 肌梗死后基因表达波动模式的可视化描述。这些模式可以反 映基因表达在不同时间点质和量上的表达差异。结合Gene ontology的基因语义功能学上的研究和基于KEGG的作图法 是一种有力的联合分析工具，前者可以直观的展示扰动的基 因在功能上的共同点，后者可以显示在特定细胞网络中哪些 基因受到了影响。 【关键词】急性心肌梗死；可视化；基因本体分析；转 录组；调控网络分析；京都基因与基因组百科数据库；生物 统计；系统生物学 Visualizing the gene expression network patterns and metabolic disturbances after acute myocardial infraction： a systems biological modeling based on transcrip to mics data sets CAI Bin, JIANG Hua, PAN Hai-xia, JIANG Zhong-ning, CHEN Wei, YANG Hao, ZHOU Zhi-yuan , HU Wei-jian , Charles Damien LU , PENG Jin. Department of Computational Mathematics and Biostatistics , Metabolomics and Multidisciplinary Laboratory for Trauma Research , Institute for Emergency and Disaster Medicine, Sichuan Provincial People，s Hospital, Sichuan Academy of Medical Sciences. Chengdu 610072, China Corresponding author : PENG Jing , Email : cdjianghua@gmaiL com [Abstract] Objective Establishing a visualization tool to examine global gene expression regula.tory networks changes after acute myocardial infractions (AMI) . Met hods We used a gene microarray dataset n amed GDS 2331. It contained gene expression profiling data