实用生物信息技术课程第5次作业系统发生树构建和分析姓名______学.docVIP

实用生物信息技术课程第5次作业 PAGE \* MERGEFORMAT 1 系统发生树构建和分析 姓名________ 学号______________ 分组编号_____ 日期________年___月___日 参阅ABC网站有关资料，查阅相关文献，说明以下基本概念 分子演化和系统发生 序列相似性（Similarity）和序列同源性（Homology） 直系同源（Ortholog）和旁系同源（Paralog） 核苷酸替换模型和氨基酸替换模型 突变速率和分子钟 进化分支树（Cladogram）和系统发生树（Phylogram） 基因树和物种树 无根树和有根树 分支和节点 内部节点和外部节点 根节点和叶节点 距离法和位点法 最大简约法和最大似然法 参阅ABC网站中有关资料，查阅相关文献，回答以下问题 构建系统发生树的基本步骤 构建系统发生树时选择核苷酸序列或氨基酸序列的原则 利用自举法（Bootstrap）检验系统发生树稳定性的原理 确定无根树根节点的方法 如何通过所构建的系统发生树判断“先有物种”还是“先有基因” 不同建树方法的基本原理和特点 人珠蛋白基因家族系统发生树实例 以人珠蛋白基因家族12个成员蛋白质序列，用MEGA邻接法构建系统发生树；选择不同氨基酸替换模型（Substitution Model），比较所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值（Bootstrap value），说明不同替换模型对结果的影响。 以人珠蛋白基因家族12个成员编码区序列，用MEGA 邻接法构建系统发生树；，选择不同核苷酸替换模型，比较所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值（Bootstrap value），说明不同替换模型对结果的影响。 根据所构建的系统发生树，参阅Burmester 和Hardision论文，说明人珠蛋白基因家族12个成员之间的演化关系。 人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族系统发生树实例 以人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族37个成员编码区序列，采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建系统发育树，选择适当的替换模型和参数，比较采用不同方法、不同模型和不同参数时所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值。 根据上述人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族37个成员编码区序列系统发生树，参阅相关文献，说明珠蛋白基因家族的起源和演化。 血红蛋白alpha亚基系统发生树实例 从脊椎动物中选取若干代表性物种，根据传统分类学知识，描述它们之间的系统发生关系，用MEGA软件中User Tree/Display Newick trees绘制系统发生树。 从UniProt中提取上述代表性物种的血红蛋白alpha亚基氨基酸序列，用MEGA 构建系统发生树；选择适当的方法、模型和参数，以获得稳定性较好的系统发生树。比较所构建的系统发生树与基于传统分类学的系统发生树的异同。 课题相关系统发生树构建 基于课题相关蛋白质或基因家族，选择代表性物种，根据传统分类学知识，描述它们之间的系统发生关系，用MEGA软件中User Tree/Display Newick trees绘制系统发生树。 从UniProt中提取上述代表性物种的蛋白质序列，用MEGA 构建系统发生树；选择适当的方法、模型和参数，以获得稳定性较好的系统发生树。比较所构建的系统发生树与基于传统分类学的系统发生树的异同。 从RefSeq或GenBank中提取上述代表性物种的核苷酸序列，用MEGA 构建系统发生树；选择适当的方法、模型和参数，以获得稳定性较好的系统发生树。比较所构建的系统发生树与基于传统分类学的系统发生树的异同。 分析所构建的系统发生树，阅读相关文献，说明系统发生分析对课题研究的作用。