基于混沌粒子群算法的生物多序列比对研究-运筹学与控制论专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 南开大学学位论文使用授权书 本人完全了解《南开大学关于研究生学位论文收藏和利用管理办法》关于南开大学(简 称“学校”)研究生学位论文收藏和利用的管理规定，同意向南开大学提交本人的学位论文 电子版及相应的纸质本，并委托印刷存档论文。 本人了解南开大学拥有在《中华人民共和国著作权法》规定范围内的学位论文使用权， 同意在以下几方面向学校授权。即： 1.学校将学位论文编入《南开大学博硕士学位论文全文数据库》，并作为资料在学校 图书馆等场所提供阅览，在校园网上提供论文目录检索、文摘以及论文全文浏览、下载等 信息服务； 2.学校可以采用影印、缩印或其他复制手段保存学位论文；学校根据规定向教育部指 定的收藏和存档单位提交学位论文； 3.非公开学位论文在解密后的使用权同公开论文。 4.同意学校将本人向有关电子出版单位授权的学位论文(含电子版和授权书)转交相关 授权单位。 本人承诺：本人的学位论文是在南开大学学习期间创作完成的作品，并已通过论文答 辩；提交的学位论文电子版与纸质本论文的内容一致，如因不同造成不良后果由本人自负。 本人签署本授权书一份，交图书馆留存。 学位论文作者暨授权人(亲笔)签字： 曹俊芳 20 15 年 5 月 18 日 南开大学研究生学位论文作者信息 论文题目 基于混沌粒子群算法的生物多序列比对研究 姓 名 曹俊芳 学号 2120120185 答辩日期 20 15 年 5 月 18 日 论文类别 博士 □ 学历硕士 √ 专业学位硕士 □ 同等学力硕士 □ 划 √ 选择 学院(单位) 计算机与控制工程学院 学科/专业(专业学位)名称 运筹学与控制论 联系电话 电子邮箱 HYPERLINK mailto:942829952@ 942829952@ 通信地址(邮编)： 南开大学伯苓楼 非公开论文编号 备注 注：本授权书适用我校授予的所有博士、硕士的学位论文。由作者填写一份并签字后交校图书馆，如已批准为非公开学 位论文，须附批准通过的《南开大学研究生申请非公开学位论文审批表》和“非公开学位论文标注说明”页。 摘要 摘要 摘要 生物学知识的快速积累始于当前正在进行的基因组计划，如何发掘出其中 的科学意义成为一项极具挑战意义的工作，需要进一步的理解细胞和有机体的 生物学意义，生物学序列数据的组织、分类和解析是其中的重要部分，而多序 列比对则处于了其中的关键地位。多序列比对主要用于描述一组序列之间的相 似性关系，通过比对可以得到基因的家族特征等重要结果。 论文在介绍了隐马尔科夫模型和优化算法的基础上，在多序列比对问题中， 通过设计智能优化算法将信息整合到清晰的概率模型中，以更有效的解决问题。 本文通过使用混沌模型调整参数的粒子群优化算法，将该算法运用于多序列比 对的隐马尔科夫模型中，从而构造出一种新的混沌粒子群算法训练隐马尔科夫 模型的多序列比对算法。将混沌化的思想引入到粒子群优化算法中，解决了粒 子群优化算法容易早熟的缺点，使得该算法具有容易实现、收敛速度快、搜索 范围大等优点，提高了经典算法的搜索能力和性能。进而，通过动态惯性权重 和混沌搜索范围的协同优化策略对粒子群算法的迭代速度进行优化，提高算法 的性能。 在混沌粒子群算法中，所设计的动态惯性权重和混沌搜索范围的协同优化 策略，通过相关函数的仿真以及多种算法的实验对比，验证了其良好的效果。 通过算法的代码实现，与其他相关算法软件的比较分析，结果表明，算法在多 序列比对的匹配度上有一定的提高。 关键词：多序列比对；隐马尔科夫模型；混沌粒子群算法；动态惯性权重； 混沌搜索范围优化 I Abs Abstract Abstract The rapid accumulation of biological knowledge begins with the current human genome project, how to explore the significance of science has become a challenging work, and need human to further understand the biological significance of the cell and the organisms, a part of them is biological sequence data organization, classification and analysis, while multiple sequence occupy the more important part. Multiple sequence alignment is mainly used