水稻抗白叶枯病基因同义密码子使用偏性之影响因素探讨.PDFVIP

86 台灣農業研究 第 59 卷 第 2 期 台灣農業研究 (J. Taiwan Agric. Res.) 59(2):86–102 (2010) 水稻抗白葉枯病基因同義密碼子使用偏性之影響 1 因素探討 2 2 2 3,4 魏夢麗 鍾依涵 呂椿棠 呂秀英 摘 要 魏夢麗、鍾依涵、呂椿棠、呂秀英。2010 。水稻抗白葉枯病基因同義密碼子使用偏性之影 響因素探討。台灣農業研究 59:86–102 。 同樣對白葉枯病菌產生抗性的不同Xa 基因間，呈現出密碼子使用偏性的多樣 性。因此，本研究進行Xa 基因同義密碼子使用偏性之影響因素探討，以進而暸解 形成密碼子使用的演化機制。研究材料係取自 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 之 GenBank 資料庫下載已完全定序的 Xa 基因 (Xa1 , xa5 , xa13, Xa13, Xa21, Xa26 及Xa27 ) 及其家族之 17 個編碼區序列 (coding domain sequence, CDS) ，透過計算這些Xa 基因的 CDS 長度及各種同義密碼子使用偏性指 標，如同義密碼子相對使用度 (relative synonymous codon usage, RSCU) 、密碼子適 應指標 (codon adaption index, CAI) 、有效密碼子數 (effective number of codons, ENC) 、同義密碼子第三位置出現G 或 C 核苷酸之頻率 (GC3) 以及同義密碼子第 一、二位置出現 G 或 C 核苷酸之平均頻率 (GC12) ，並分析其間之關係，以闡明 同義密碼子使用偏性之主要影響因素。結果發現 Xa 基因之 CDS 長度及基因表達 程度與同義密碼子使用偏性有極顯著關係，即Xa 基因長度較短者可有較高的基因 表達程度、以及較高的同義密碼子使用偏性，如 xa5 、xa13 、Xa13 及Xa27 基因。 Xa 基因序列之 GC3 組成限制，也影響密碼子的使用。而GC3 突變偏性又受到 GC12 TAO 之影響，造成Xa 基因之同義密碼子使用偏性。 關鍵詞︰同義密碼子使用偏性、基因表達程度、GC 含量、突變偏性、分子演化。 mRNA 上的遺傳密碼，將 DNA 上遺傳訊息轉 前 言 變為蛋白質的胺基酸排列順序。mRNA 分子中 生物的蛋白質合成都是由 DNA 上連續排 每 3 個相鄰鹼基代表一種胺基酸或終止信號， 列的遺傳密碼 (genetic code) 所決定，DNA 的 此 3 個相鄰鹼基稱為密碼子 (codon) 。因此， 遺傳訊息轉錄到 mRNA 上，通過翻譯讀寫 密碼子是核苷酸攜帶訊息和蛋白質攜帶訊息間 1. 行政院農業委員會農業試驗所研究報告第 2400 號。接受日期：99 年 6 月 21 日。 2. 本所作物組助理研究員、計畫助理、助理研究員。台灣 台中縣 霧峰鄉。 3. 本所研究員兼主任秘書。台灣 台中縣 霧峰鄉。 4. 通訊作者，電子郵件：iying@.tw ；傳真機：(04。