基因芯片概述课件.pptVIP

基因芯片Gene Chip;什么是基因芯片？; 定义 基因芯片概述 原理 分类 基因芯片的应用 载体的准备 基因芯片的设计 基因探针的准备 点样及点样后处理 基因芯片图片获取及图像分析 配置基因芯片系统;;1 基因芯片概述;1.1基因芯片的定义 基因芯片又称DNA芯片（DNA Chip）, 是指将大量特定的寡核苷酸探针分子有序地、高密地固定于支持物上，然后与进行了标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强度及分布进而对靶分子的序列和数量进行分析。 生物芯片起源于基因芯片。所谓生物芯片指高密度固定在固相支持介质上的生物信息分子（如寡核苷酸、基因片段、cDNA或多肽、蛋白质）的微阵列，阵列中每个分子的序列及位置都是已知的，并且是预先设定好的。;;1.2 基因芯片的原理 ; 基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法。在一块基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列,据此可重组出靶核酸的序列。 大规模基因测序或多态性分析时，每个核苷酸或突变点都必须检测出来。因此，通常设计出一套大量的核苷酸探针，在靶序列上跨越每个位点，只在中央位点的碱基设计上有所不同，根据每套探针在每个位点的杂交严谨程度，即可测定出该碱基的种类。如果基因芯片仅是用于检测基因表达的差异，只需设计出针对基因中特定区域的几套寡聚核苷酸即可。 ;1.3 基因芯片的分类; 按制作方法区分：原位合成芯片、直接点样法芯片等。 按载体上探针的种类区分：寡聚核苷酸芯片和cDNA芯片等。 按应用又可分为表达谱芯片和检测芯片。平常所说的基因表达谱芯片其实是从应用上讲，可用于对基因及其表达的量进行检测的芯片，寡聚核苷酸芯片和cDNA芯片都可用于表达谱研究，一般而言，基因表达谱芯片??要用于研究基因的功能，是指将待测及对照组的mRNA通过逆转录将荧光分别标记到两种组织的cDNA上，并与基因芯片进行杂交及荧光信号扫描，通过计算机处理就能确定芯片上的基因结合了探针的量，从而来判定此基因是否表达，或在两种组织中的表达是否有变化。 ; 2 基因芯片的应用; Kanako等利用一个寡聚DNA芯片成功地对普通小麦在盐害逆境中的基因转录图谱进行了分析，最终得到的小麦的转录信息也具有极高的可靠性。Girke等利用基因芯片研究了拟南芥种子发育过程中的基因表达。 Wang等利用5766个cDNA微阵列研究比较正常卵巢和肿瘤卵巢组织基因表达差异, 发现了几个和卵巢肿瘤进展相关的基因, 为卵巢癌的诊断和治疗提供了新的指导。 ;2.2 基因型、基因突变和多态性分析 在同一物种不同种群和个体之间，有着多种不同的基因型，而这种不同，往往与个体的不同性状和多种遗传性疾病有着密切的关系。通过对大量具有不同性状的个体的基因型进行比较，就可以得出基因与性状的关系。但是，由于大多数性状和遗传性疾病是由多个基因同时决定的，因此分析起来就十分困难，然而基因芯片技术恰恰解决了这一问题，利用其可以同时反应数千甚至更多个基因的特性，我们就可以分析基因组中不同基因与性状或疾病的关系。 Halushka等用高密度芯片检测75个非洲和北欧居民的28mb的基因序列, 结果获得了1480个等位基因, 对人类基因中的SNP性质、图像进行了系统全面的扫描, 并试图寻找基因与血压异常性疾病的关系。 ;2.3 疾病的诊断与治疗 人类的疾病与遗传基因密切相关，基因芯片可以对遗传信息进行快速准确的分析，因此它在疾病的分子诊断中的优势是不言而喻的，是一种新的、强有力的分子工具。基因芯片技术已经被应用于感染性疾病、肿瘤、耐药菌株及耐药性的检测等方面的研究。 Hacia等利用96000种20mer的DNA芯片检测遗传性乳腺癌和卵巢癌基因。在15例患者样品中，发现了14例存在着基因突变，检测准确率达到了99%，这也说明基因芯片技术能够快速准确扫描大量基因，适用于临