节杆菌环境适应性的基因组学研究进展.pdf

微生物学报 Acta Microbiologica Sinica 2016, 56(4): 570-577 /actamicrocn DOI: 10.13343/ki.wsxb Mini-Review 小型综述 节杆菌环境适应性的基因组学研究进展 * 张新建，张广志，杨合同 山东省科学院生态研究所，山东省应用微生物重点实验室，山东 济南 250014 摘要： 节杆菌分布广泛，能适应多种环境条件，而且多数节杆菌具有营养多功能性，能降解多种环境污 染物，因而受到人们的广泛关注。近年来，随着多株节杆菌基因组的测序完成，人们对节杆菌环境适应 性的分子机制有了全面的认识。基因组学研究结果表明，节杆菌在σ 因子、氧化应激、渗透应激、饥饿 应激、温度应激等胁迫应激反应相关基因方面的特点使其能够在多种环境条件下生存。本文挑选部分具 有代表性的节杆菌基因组学研究，对其环境适应性的基因组学基础进行综述，以期为利用节杆菌进行环 境污染修复提供理论基础，并为其它细菌的环境适应性机制研究提供参考。 关键词：节杆菌, 环境适应性, 基因组学 节杆菌(Arthrobacter spp.)是最常分离到的土 被报道可以降解硝化甘油、多种苯衍生物、多环 壤细菌种类之一，在地球上分布广泛，几乎无处 芳香族化合物、卤代醇、卤代烃、N- 杂环化合 不在。从土壤到植物，从高山到海水，从考古壁 [9–14] 物、杀虫剂和除草剂等多种化合物 。此外，节 [1–5] 画到临床样本，都可以分离到节杆菌 。节杆菌 杆菌对许多有毒的重金属和铬酸盐类物质具有很 广泛分布的部分原因是它们具有能在饥饿、温度 [15–17] 强的耐受性 。营养上的多功能性以及对多种 变化、电离辐射、氧自由基和有毒化合物等所致 胁迫的抗性，使节杆菌种群在多种生态位均处于 [3] 的胁迫环境下长期存活的能力 。例如，在新疆 [6] 优势地位。 沙漠地区的土壤中能分离到节杆菌 ；在南极和 近年来，随着基因组测序所需时间缩短和成 北极地区、冰川淤积物、高山冰川的冰尘和冰穴 [7] 本大大降低，已有多株节杆菌(Arthrobacter spp.) 中均能发现节杆菌 ；从华盛顿美国能源部放射 性核素储罐的渗漏物中分离的细菌中，节杆菌是 完成了基因组测序[3,9,18–34] ，截至2015年5月，GenBank [8] 的Genome数据库已收录了