酶催化的一碳单元转移及相应酶抑制剂的量子化学研究和分子动力学模拟-物理化学专业毕业论文.docx

山东大学博士学位论文甘氮酰脓核苷酸转甲酰基酶(GAR 山东大学博士学位论文 甘氮酰脓核苷酸转甲酰基酶(GAR Tfase)催化的一碳单元转移机理，讨论 了模型体系中所有可能的反应路径以及相应的反应势垒和过渡态的性质，并 比较了有水参与和无水参与时反应性质韵差异。计算表明：该～碳单元转移 反应一共有两条不同的反应路径：协同反应路径和分步反应路径。此外还存 在一个脱水形成亚胺的副反应，其中分步反应是完成一碳单元的最佳反应通 道。水分子参与后，提供一个O．H单键将质子给体和质子受体连接起来，质 子由给体向水分子中的氧迁移，与此同时水分子中的一个质子向受体迁移， 质子迁移由直接迁移变为间接进行，过渡态中的四元环结构变为六元环。水 分子的介入使得体系中与质子转移相关的角度收缩幅度变小，体系张力减 小，因而反应能垒大大降低。在六元环的过渡态中有两个质子同步发生迁移， 振动都很剧烈。以上性质是水分子辅助的过渡态所特有的。本章的计算结果 证实了实验推测。 第四部分以三种甘氨酰胺核苷酸转甲酰基酶抑制剂为研究对象，模拟计 算了生物体内甘氮酰胺核苷酸与不同抑制剂的反应过程，所有计算均采用 B3LYP／6—31G’方法。三种抑制剂分别为10-CHO．5，8，10．三去氮杂时酸(b1)、 10-CHO．5，10-二去氮杂叶酸(bII)和10-CHO．5．去氮杂叶酸(bill)。其中， bI和b11的反应活性非常相似，它们可以通过脱水反应生成亚胺化合物达到 抑制一碳单元转移的目的，也可以在反应过程中形成稳定的中间体，使反应 停留在中间体阶段，不再继续。bill的反应活性与叶酸辅酶模型分子相似， 容易通过分步反应完成甲酰基转移，而无法抑制一碳单元转移的进行。影响 抑制剂活性的关键因素是10．位上原子的电荷布居和该处的空间位阻，5．位 和8．位对抑制剂的活性基本没有影响。水分子的参与能够改变过渡态的结 构，大幅度降低反应势垒，但不改变反应路径的优先次序，也不改变抑制剂 的作用机制和反应活性。 第五部分以蛋白质数据库(PDB)中甘氨酰胺核苷酸转甲酰基酶(GAR Tfase)的X—ray晶体结构为基础，利用Cerius 2软件包中的CFF力场对其进 行分子动力学模拟。经过多次迭代使体系能量达到最小化后，根据文献取底 物OAR、叶酸辅酶以及与它们形成氢键的15个氨基酸残基和3个结晶水分 子作为简化体系，应用量子力学和分子力学相结合的方法(QM／MM)寻求 山东大学博士学位论文 山东大学博士学位论文 体系的过渡态，获得势能面上的最低能量反应途径。计算结果表暖：靠近反 应活性中心的三个氨基酸残基Ashl06、Hisl08和Aspl44都不直接参与一碳 单元转移。它们的作用是限制甲酰基在反应过程中的相对位置，协助完成一 碳单元转移。酶分子的作用是与底杨和叶酸辅酶形成分子问氢键，这些氢键 在空间中相互交错，将反应物固定在合适的位置。酶催化作用的本质是活化 反应物，限制体系中的自由度，升高体系的能量，使反应物的构型与过渡态 最接近，从而降低反应势垒(降幅为107．1kJ／m01)，使反应更容易进行。本 章同时计算了抑制剂lQ．甲酰基．5，8，10．三去氮杂四氢时酸(Inhl)与底物 GAR发生的反应。在Inhl分子中，由于分子结构的变化，10-位上负电荷密 度变小，空闽位阻增大，因而在甲酰基转移过程中有较高的势垒。此时氨基 酸残基Aspl44与两反应物之间的氢键相互作用变小，其它残基与底物GAR 和抑制剂Inhl的相互作用基本不变。 本论文应用量子力学(QM)、分子力学(MM)以及量子力学和分子力学 相结合的方法(QM／MM)研究了一系列一碳单元转移反应，并考察了相应 酶抑制剂的作用机制，得出了以下一些具有创新性的成果： 一、通过对模型体系一碳单元转移反应的研究，获得了水分子辅助的～ 碳单元转移机制，深入考察了水分子在一碳单元转移过程中的重要作用。它 能够将质子给体和质子受体连接起来，改变过渡态的结构，并能大幅度降低 反应能垒。 实验工作者通过分析实验过程中产生的各化合物的组成和实验条件，推 测水分子能够参与～碳单元转移，将协助完成反应。本文的研究发现，水分 子可提供一个O—H键参与反应，作为连接质子给体和质子受体的“桥梁”， 在接受来自给体的质子的同时，将自身的一个质子转移给质子受体。过渡态 中原先的四元环结构变为六元环结构，体系中张力减小，因而过渡态的相对 能量大大降低。过渡态中有两个质子发生同步迁移，振动最剧烈。 二、通过对甘氨酰胺核苷酸转甲酰基酶(OAR Tfase)抑制剂模型(bI、 blI和bⅢ)的计算。解释了三种抑制帮的作用机制，分析了各个活性部位对 抑制剂反应活性的影响，为抗癌抗肿瘤药物的设计和研发提供了理论指导。 抑制剂bl和b11之所以能够抑制一碳单元