磷酸化修饰Thr538位点调节蛋白质激酶(PKCθ)催化域结构的模拟研究-生物物理学专业论文.docxVIP

摘要摘要 摘要 摘要 蛋白激酶PKC0在细胞信号传导过程中发挥着重要的作用。它与很多生理 功能和疾病有着密切的关系，这使得PKC0成为了一个重要的靶标。目前的研 究已经发现，PKC0活性环上Thr538位点的磷酸化修饰，对于蛋白激酶的活性 起着十分重要的作用。为了解释Thr538位点磷酸化修饰对PKC0结构的作用， 本文通过分子动力学模拟和分子对接的方法进行了相应的研究。本文的研究工 作主要包括： 1，首先利用lxjd和2jed作为模板，利用多模板同源建模方法，补全了PKC0 中缺失的原子坐标。并利用PROCHECK、ERR．AT和PROSA对该同源建模得 到的模型进行了评价，这些评价结果证明该模型是十分可靠的。 2，Thr538位点的突变能够导致PKC0催化亚基局部结构发生变化。分子 模拟结果的RMSD表明Thr538位点的磷酸化能够提高催化亚基的稳定性。 Thr538位点的突变不会影响催化亚基的整体RMSF曲线形式，表明Thr538位 点突变对于催化亚基整体的结构不会形成太大的变化。PKC0氨基酸残基在 Lys409、Asp504、Phe3 95、Asp522、Met444、Asp544、Asp561的RMSF数值 较低，表明这些氨基酸残基在模拟过程中比较稳定。在Ser390、Lys401、Asp419、 His474、Asp533、Gly553、Gln582处则有较高的RMSF，说明这些氨基酸残基 具有较大柔性。 3，模拟结果表明Thr538位点处于磷酸化状态时，538位点氨基酸残基能 够和Ar9503和Lys527形成氢键。而对于非磷酸化的T538和T538E模型，大 叶区域上的Glu528可以与C螺旋上的Ar9430形成氢键。并且Thr538位点的 磷酸化修饰能够对PKC0活性区域处的结构产生很大的影响，尤其是在甘氨酸 富集区。模拟表明当Thr538位点为磷酸化状态时，催化亚基结构状态为开放状 态；当Thr538位点去磷酸化时，催化亚基结构状态为闭合状态；当Thr538位 点突变为Glu时，催化亚基结构状态处于中间状态。 4，利用分子对接技术，本文给出了ATP与PKC0的结合构型，并对ATP 与PKC0两者间的氢键和疏水作用进行了分析。 关键词：PKC0，分子动力学模拟，突变，分子对接 AbstractAbstract Abstract Abstract Protein kinase C O-type(PKCO)plays an important role in the cell signaling process．It correlates with many physiological functions and disease closely,which makes it to be an important target．It has been known that the phosphorylated modification of sites Thr53 8 on PKCO activity loop plays an important role for protein kinase activity．To explore the structural impacts of PKC0 with the phosphorylated modification of Thr53 8，the molecular dynamics simulations and molecular docking technique were applied．The following staff has been fulfilled in this dissertation： 1，Firstly,with multiple templates，the missing coordinates of PKC0 were complemented with the homology modeling technology．The homology modeling result Was evaluated by PROCHECK，ERRAT and PROSA．And the scores show that the result iS reliable． 2，RMSD of the molecular simulation results shows that the mutation ofThr538 leads to the conformational changes of the PKC0 catalytic subunit．The phosphorylation of Thr5 3 8 can