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* * 序列相似性的概念 序列比较是如何进行的？ ----打分方案的原理(Principles of Scoring Matrices) Blosum距阵(The Blosum matrices) 距阵的使用效果(Matrix Performance) 通过一些测试显示，Blosum距阵用于在数据库中查找同源性序列时，效果比PAM距阵好。 如上述，距阵从1到250PAM两极距离太远，可能引起不准确；而Blosum直接从最同源的序列的区间排比获取匹配率，不考虑进化距离。 Blosum距阵的突变数据来源于未加gaps的序列区间排比，相当于蛋白序列的保守区。 Dotplots - 序列相似性的作图分析 序列比较的问题(The problem with sequence comparison) 序列比较：序列比较包括从两个或多个序列中找出所有显著相似的区域。最主要的问题是必须首先作出定义，对于生物序列来说何为显著相似。 在开始讲程序之前，让我们先了解一下它们做些什么和为什么那样做。这一节主要是关于序列比较是如何进行的。 Dotplots - 序列相似性的作图分析 序列比较的问题(The problem with sequence comparison) 当我们比较两个序列时，总是会对显著相似的区段比较感兴趣，可是从生物学的角度如何定义何为“显著相似”？为了更好的理解这一点，让我们先看看几个例子。首先从比较两个简单序列开始。 ATGCATGCATGCATGCATATATATATATATATATGCATGCATGCATGCATGC | | | | | | | | | | | | | | | | CGATCGATCGATCGATATATATATATGCATATATATGCATGCATGCATGCAT Dotplots - 序列相似性的作图分析 序列比较的问题(The problem with sequence comparison) 在这里我们只是简单的将两个序列并排比较，对比两个序列之间的碱基，将匹配的残基用垂直线标出，可见一个保守的区域。但是，是否还有更好的排比方式呢？显然，如果将其中一个序列相对另一序列错开两个碱基位置，可以得到一个更好的排比结果(这里说更好是指得到更多相匹配的碱基) ATGCATGCATGCATGCATATATATATATATATATGCATGCATGCATGCATGC | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CGATCGATCGATCGATATATATATATGCATATATATGCATGCATGCATGCAT Dotplots - 序列相似性的作图分析 序列比较的问题(The problem with sequence comparison) 结论是，我们不能够简单的将两个序列头尾对应的排比，而是对各种可能的排比方式都进行比较以找出最佳的排比结果。可是，这还不行。生物体有许多变化的机制，简单的从一个残基变为另一个残基只是其中之一，而插入和缺失也经常发生，我们是否可以将插入和缺失考虑进去，以得到更好的排比结果呢？ ATGCATGCATGCATGCATATATATATAT----ATATATGCATGCATGCATGCATGC | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CGATCGATCGATCGATATATATATATGCATATAT----ATGCATGCATGCATGCAT Dotplots - 序列相似性的作图分析 序列比较的问题(The problem with sequence comparison) 这里我们用了连字号(--)来标记插入/缺失的事件。仅仅观察两个序列是很难知道是否有插入或缺失的发生的，因此我们将它简称为一个“indel”。插入“indels”通常会大大增加匹配残基的数目：在序列比较时必须考虑“gaps”的存在，采用“gaps”通常可以大大增加匹配残基的数量。 ----AT--GCAT--GCAT