生物信息学导论第一次课蛋白质序列分析.ppt

（1）蛋白质序列分析 ： Course Schedule A: 基于序列预测蛋白质特性（基本模式、初级模式） B: 基于序列预测蛋白质功能相关特性 （高级模式） （2）蛋白质结构分析 ： A: 二级结构：常用的二级结构预测方法 B: 空间结构：三种预测方法 蛋白质结构形式（结构分不同等级） 例：肌肉收缩与离子通道开关 蛋白质结构决定功能，因此想准确研究蛋白质功能必须了解结构 测定蛋白质结构的实验方法 X-线晶体衍射法 (X-ray Diffraction) 冷冻电镜 （cryo-Electron microscopy） 核磁共振光谱法 (NMR) （1）X-线晶体衍射法 (X-ray diffraction) 特点：该方法适用于可溶性蛋白质 难点：操作复杂，解图谱困难 测定蛋白质结构的实验方法-- X线晶体衍射法 颜宁和施一公 （2）核磁共振光谱法 (NMR) 特点：该方法用于直接测定水溶 液中的蛋白质结构 难点： 解谱困难、仅适用于小分 子量蛋白质 （3）冷冻电子显微镜法 (cryo-Electron Microscopy) 电子的波长在0.01 纳米左右 科学之眼 恩斯特·鲁斯卡 1986年诺贝尔物理学奖 Cryoelectron microscopy structure of the TcdA1 pore and comparison with the prepore complex （3）冷冻电子显微镜法 (Cryo-Electron Microscopy) Nature 495：520–523，(28 March 2013) 能否基于已有对蛋白质结构的知识，利用蛋白质序列 预测其蛋白质结构？ 目前蛋白质研究的主要矛盾（生物信息学的机遇） 快速增长的蛋白质序列信息 vs 缓慢获得蛋白质结构信息之间的矛盾 预测蛋白质结构的可行性 1. Anfinsen 实验证明蛋白质的结构信息埋藏在蛋白质 的组成氨基酸序列中 （理论支持） 2. 大量已知的蛋白质结构数据（数据支持） 针对蛋白质结构目前已构建出了许多相关数据库，收入的 信息包括蛋白质结构、蛋白质结构分类等。 （1）蛋白质结构数据库 Protein Data Bank (PDB) （2）蛋白质结构分类数据库 Structural Classification of Protein (SCOP) Class Architecture Topology Homology (CATH) 牛胰核糖核酸酶变性与复性实验 Christian Anfinsen 牛核糖核酸酶变性与复性实验 Anfinsen 实验结论： 蛋白质的折叠不是随机的，多肽链中氨基酸序列含有折叠此链成为自然结构的全部信息。（一级结构决定了三级结构这一原则 ） 预测蛋白质结构的可行性 1. Anfinsen 实验证明蛋白质的结构信息埋藏在蛋白质 的组成氨基酸序列中 （理论支持） 2. 大量已知的蛋白质结构数据（数据支持） 针对蛋白质结构目前已构建出了许多相关数据库，收入的 信息包括蛋白质结构、蛋白质结构分类等。 （1）蛋白质结构数据库 Protein Data Bank (PDB) （2）蛋白质结构分类数据库 Structural Classification of Protein (SCOP) Class Architecture Topology Homology (CATH) 蛋白质二级结构预测 --- α-螺旋 A. -47°与 -57 ° （肽键相连的两个二面角的角度） C. n 与 n+4 (氢键是稳定螺旋的主要因素） B. 3.6 与 0.54 （主要的螺旋参数） （1） α-螺旋 （Alpha-helix) （2） β-折叠片 （Beta-sheet) A. -119/113。和-139 /135。 (平行与反平行) 0.65 和 0.70 （两个残基之间的距离） 0.65 ? 0.70 ? 蛋白质二级结构 --- β-折叠 ? ? 蛋白质二级结构 其它形式 （3） β-转角（Beta-Turn) （4） 无规则卷曲（Random-coil) Beta-Turn 180 ° (肽链回折的角度） B. 4 (组成氨基酸的个数） C.