以信息系统的观点了解基因组讲义.ppt

结论： （1）基因组调控符合一般的控制模型。 （2）控制模型的控制特性由代表其相互作用 及其本身特性的信号系统决定。 例如： 细胞应答特性，由细胞内的信号系统决定。 细胞对稀土离子的应答： 图4.10 细胞对稀土的应答 Fig.4.10 Cellular response to lanthanides 最关键是稀土启动两个细胞信号系统 （i）启动肌醇细胞信号系统 图4.11 稀土促进磷酰肌醇-4,5-二磷酸(PI)水解并且启动肌醇细胞信号系统 Fig.4.11 Lanthanides induce hydrolysis phosphatidylinositol-4,5-biphosphate(PI) and trigger the inositol cell signalling system （ii）启动环核苷酸信号系统 在两个信号系统的交互作用下，既能推动细胞增殖，又能推动细胞凋亡。 细胞内的信号系统决定细胞的应答特性 细胞的信号系统决定细胞的调控特性 图4.12 铈(III)离子启动大鼠肝细胞第二信使系统 根据杨燕生等(1999)、刘湘陶(1999)、程驿等(1999) Fig.4.12 Ce(III) triggers second messenger system of rat hepatocytes Based on Yang et al.(1999), Liu et al.(1999), Cheng et al.(1999) 9、钙波的信号系统模型描述钙波特性 Ca2+的振荡特性 图4.13 单细胞钙波的控制模型 快系统：内质网、质膜钙泵 慢系统：线粒体、质膜Na+—Ca2+交换器 图4.14 单细胞 钙波的信号系 统模型 从信号系统模型所得的钙波波形 主 频 率 分 量 激励强度 图4.15 激励强度与震荡主频率分量的拟合直线图。 主频率分量 图4.16 模型仿真得到的钙波震荡波形，不同激励强度下震荡幅度基本不变，而频率随激励强度的增长而增长 基因组的信息系统（或信号系统）决定基因组的调控性能 五、信息系统的复杂性对调控的影响 复杂信息系统有其特点，使其调控特性不同于一般的信息系统。 例如，复杂系统的自组织特性，自相似，和产生混沌现象，是简单系统没有的。 生物系统的产生，是自组织特性的结果。 生物的宏观表现，如呼吸、生殖周期、心电、脑电波形等呈现混沌现象。 自组织对基因、蛋白质、物种的进化产生影响 交配、选择、复制，使物种向某一方向发展，有正反馈过程，形成自组织特性。 Bak与Sneppen的进化模型（BS模型）考虑物种间的相互作用，能够自组织的演化到一种临界状态。在这种状态下，可以间断式的出现雪崩进化现象。 我们在BS模型上，构架一种生态系统的协进化模型（MCEM）。 MCEM：生态系统的协进化模型。 （i）单一物种的马氏链模型 (1) (2) (3) (4) 图5.1 单一物种的进化历程 P22 P33 1 2 3 P11 P12 P21 P23 P34 P43 P32 （ii）多物种的协进化模型 图5.2 多物种的 关系网络 图5.3 生态系统 的进化 捕食（寄生） 互惠共存 竞争 生态系统中的某一物种 1 1 2 协进化引起突变种群分布，物种进化程度与物种多样性的加速。 物种编号 物种编号 进化代数/50 进化代数/50 (a) (c) 物种编号 物种编号 进化代数/50 进化代数/50 (b) (d) 图5.4 进化中突变种群的分布（a, b: 考虑物种关系, c, d: 不考虑物种关系） C D 进化代数/50 进化代数/50 系统的各物种的平均进化程度C 系统的物种多样性程度D 图5.5 生态系统进化的总体效应 （1: 不考虑物种关系, 2: 考虑物种关系） 1 2 2 1 生态系统进化幕 太古宙早期 38-3