拟南芥乙醇脱氢酶蛋白质三级结构预测及其结果分析.docVIP

【标题】拟南芥乙醇脱氢酶蛋白质三级结构预测及其结果分析 【作者】汪 华 【关键词】生物学软件??蛋白质序列??二级结构??三级结构??结构预测 【指导老师】姚 启 伦 【专业】生物科学 【正文】1?引言1.1拟南芥乙醇脱氢酶简介拟南芥是一种模式植物，被称为植物中的“果蝇”[1]，在植物科学研究中具有其它任何植物不可代替的优点:(1)具有基因组小(125 Mbp)、生长周期短等特点，非常有利于遗传学和分子生物学的研究和操作；(2)到2000年底，拟南芥的全基因组测序工作已顺利完成。拟南芥作为数据库完整的双子叶模式植物，为研究植物功能基因组提供了蓝图[2]。乙醇脱氢酶，是该植物中的一种代表性酶，它是催化乙醛和乙醇间的氧化还原反应的重要还原酶，在植物无氧呼吸过程中起着重要作用[3]。1.2?研究的目的和意义早在70年代，Anfinsen[4]就提出蛋白质分子的一些序列决定其空间结构的论断，成为蛋白质结构预测的理论基础。蛋白质结构预测问题就是如何从蛋白质的氨基酸序列出发预测它的功能构象问题[5]。蛋白质的生物学功能在很大程度上取决于其空间结构，所以弄清楚蛋白质的结构进而理解其结构与功能的关系具有重要意义。但通过实验方法获得蛋白质结构不仅成本高而且速度慢，显然无法满足人们的需要，为了缩小结构与已知序列之间的差异，通过生物学软件预测蛋白质结构的方法便应运而生[6]。为此，本研究以模式生物拟南芥的乙醇脱氢酶序列为实验材料，以计算机为平台，以DNAstar、SeqVerter、Cn3D、RasMol等分子生物学软件为工具，对拟南芥的乙醇脱氢酶进行蛋白质序列分析，从而预测拟南芥乙醇脱氢酶蛋白质三级结构，并通过本实验研究学习和掌握常用生物信息学软件的操作使用，进而为其他蛋白质三级结构预测提供依据。1.3?国内外研究现状蛋白质空间结构预测的目的是为大多数蛋白家族提供模板结构。随着服务器数据的增加，结构基因组对结构预测的要求愈显必要[7]。虽然蛋白结构的预测并不能完全替代在实验中实测的蛋白质结构，但会缩小从已知核酸到蛋白质结构之间的差距。对蛋白质空间结构预测的研究将会帮助人们系统深入地理解生物信息从DNA到具有生物活性蛋白质传递的过程，使中心法则得到更完整的阐明，从而为今后设计具有新型生物功能的蛋白质打下基础[8]。从蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质三维结构的方法可以分为两类[9]：一类是基于知识的蛋白质结构预测(knowledge-based protein structure prediction)，也称为启发式的预测方法(heuristicmethod of prediction)，它根据模式匹配的原则，利用蛋白质数据库中现有的蛋白质结构数据建立适当的参数，在蛋白质一级结构的基础上采用这些参数进行评价、优化和预测[10]；另一类是基于模拟的蛋白质结构预测(simulation-based protein structure prediction)，用于研究折叠过程，即蛋白质从没有功能的、分散的、展开的蛋白质结构(denatured form)折叠成有功能的、自然态的蛋白质结构(native form)的过程，来进行蛋白质结构的预测[11]。这两类预测方法各有优缺点：第1类方法比较简单，速度较快，但是需要找到同源性符合要求的模板[12]；第2类方法运用分子物理学和分子化学的首要原则(first principles)，直接从一级结构预测三级结构，该过程需要计算大量的自由能方程[13]，第2类方法运算量大而复杂，但在第1类方法无法搜索到合适的模板时，它是唯一的选择。因而，在蛋白质结构预测过程中，这两类方法通常一起配合使用，以突破各自的局限性而达到更高的准确度[14]。2??实验材料与实验设计2.1实验材料网上获取拟南芥乙醇脱氢酶蛋白质序列2.2实验设备安装有DNAstar、SeqVerter、Cn3D、RasMol等生物学软件的计算机2.3实验设计?3实验内容3.1蛋白质序列检索在用分子生物学软件进行序列分析之前，我们必须获得相关的序列。目前网络上有许多分子生物信息数据库，如美国国立生物技术信息中心GenBank、欧洲分子生物学实验室(EMBL)、日本的DNA数据库（DDBJ）等[15]。这三个数据库每天都在交换数据，从而使他们的数据保持同步，因而从理论上讲，查询其中的任何一个数据库均可得到相同的结果。这些数据库均包括核酸和蛋白质两大类，都以核苷酸碱基顺序或氨基酸顺序为基本内容，而且这些数据库里的序列内容既包括序列排列顺序，又包括注释说明，如序列名称、说明、编号、关键词、种属来源、学名、文献、特性表、碱基组成等，为人们提供了相当大的方便。3.1.1序列检索在相关数据库开发的同时，对应的检索系统也相