NGS结果分析-毕欣.pptVIP

NGS结果分析流程 毕欣 2014-01-21 一、测序数据初步分析 √ √ √ √ √ 二、结果下载，文件按要求命名 打印 1，与实验记录装订一起，为实验整体情况记录 2，与每个样本结果分析表装订一起，为每个样本分析情况记录 实验结果文件夹 input文件夹下的相应bam、bai、vcf分别命成“项目名简写及样本号”的形式（如图） 三、生物信息学分析 上完机，在fenziyichuan-06电脑“E/NGS_Results/NGS实验结果分析记录表”中记录实验材料编号（即上机时间）、样本号、项目等内容，如图： 欲进行结果分析者，需先到这个表中登记领取，填写“分析者”、“领取日期”。 输入命令 重点关注4个文件 √ √ √ √ 图注：1，颜色及对应意义：黑，5’UTR;深蓝，外显子；淡蓝，内含子；灰，3‘UTR。 结果分析表 流程总结： 1,先找是不是有stop gain、frameshift或splicing mutation（GT—AG规则），因为这些突变形式是公认的致病突变形式，极有可能是致病的； 2,其次我们看missense mutation，结合看是不是SNP（dbSNP，1000 genomic），有没有文献报道（HGMD和google），或者预测得分（此处应清楚一般预测软件的预测打分原理：包括氨基酸的理化性质、保守性等；这也表明得分高的不一定致病，因为氨基酸的变化也有可能使蛋白功能更强，虽然这种可能性较小，但像ABCC8、KCNQ1的激活突变导致高胰岛素血症低血糖症）； 3,再次，我们看内含子区的变异，我们应给它一个命名然后去serach HGMD数据库或google，因为我们知道除了GT\AG外，剪接体识别的保守序列还有其他的位置，比如分支点等等，其他点的突变也可能产生新的剪接位点；我们还要看同义突变，虽然不影响蛋白但可能影响剪接。 4,最后，我们要注意是不是可能有大片段的缺失/重复突变的可能，或者其他的复杂突变形式（如内含子倒位），染色体结构上的变异等。 在分析结果的整个过程中，分析者一定要在心里时刻记着两点： 1.这个基因可能发生的任何突变形式，防止漏检； 2.测序平台方法的局限性：如homopolymeric stretches的测序问题、ins/del测不准的问题，随读长延伸信号衰减的问题等。 ACMG recommendations for standards for interpretation and reporting of sequence variations: Revisions 2007 (1)sequence variation is previously reported and is a recognized cause of the disorder; 已经报道和公认的为致病原因的变异； (2) sequence variation is previously unreported and is of the type which is expected to cause the disorder; 未报道的但预计是致病因素的变异； (3) sequence variation is previously unreported and is of the type which may or may not be causative of the disorder; 未报道的且可能是也可能不是致病因素的变异； (4) sequence variation is previously unreported and is probably not causative of disease;未见报道的和可能的非致病性变异； (5) sequence variation is previously reported and is a recognized neutral variant; 已报道的和公认的中性非致病性的变异； (6)sequence variation is previously not known or expected to be causative of disease, but is found to be associated with a clinical presentation. 未知的或预计不是致病因素但与某一临床表现相关的变异。 √ √ √ √ √ √ √ √ 案例分享1