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PAGE PAGE 1 实用生物信息技术期中考试（二班） 北京大学生命科学学院 2007 姓名_________________座位号______________ 学号 ______________ 1. 说明以下UNIX命令的作用： (20分) cd project/dotplot cp ppf1-alb3.needle ../keep/result/ cat *.fas | grep “HBA_” hba.lis ls -1s | wc chmod go-w output/*.out head -30 insulin.lis | tail -20 cat seq1.lis | sort seq2.lis mkdir –p project/ptf cat table.txt | cut –f1,3 10）sed ‘s/CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN/CEA/g’ cea5.fas 2. 写出EMBOSS命令，用点阵图方法显示果蝇体节发育相关基因编码蛋白(P24014)中四个富含亮氨酸重复区(LRR)和7个表皮生长因子(EGF)重复区，设置恰当的滑动窗口大小和计分域值参数，使上述重复区在点阵图上显示清晰。 （5分） 3．用EMBOSS程序包和ExPASy服务器提供的软件预测水稻组氨酸转运蛋白（Q85V22）可能的跨膜螺旋，比较各种方法预测结果差异。 （5分） 4. 写出EMBOSS命令，用α-螺旋轮图形显示人癌胚抗原粘连蛋白（CEAM5_HUMAN）C-末端跨膜区（678－695），画出所得结果α-螺旋轮，并说明氨基酸分布特征，推断其生物学功能。 （5分） 5．写出EMBOSS命令，统计水稻基因组中一对基因（rice-pair1.fasta）GC含量平均值,并用图形表示。 （5分） 6．从GenBank中下载河豚鱼多药耐药基因序列(AF164138)，提取前两个编码区序列和所编码蛋白质序列（M DR2和MDR3），用全局比对方法分别分析这两个基因核酸和蛋白质水平序列相似性；用点阵图找出MDR2中重复区（MDR2N和MDR2C），用局部比对方法分析这两个船夫曲蛋白质序列相似性。 (10分) Length Score Identities(%) Similarities(%) Gaps(%) MDR2-MDR3 (CDS) MDR2-MDR3 (protein) MDR2N-MDR2C 7．以豆血红蛋白（P02240）为检测序列进行BLAST搜索，找出SwissProt数据库中六个其他物种豆血红蛋白，将搜索结果填入下表。分别用Phylip软件包中邻接法（Neighbor Joining）和最大简约法（Maximum Parsimony）对7个物种豆血红蛋白序列构建系统发育树，画出两种树的拓扑结构。 (15分) Name Length Score E-Value Identity(%) Positive(%) Gap(%) LGB2_LUPLU LGB2_SESRO LGB2_SOYBN LGB2_MEDTR LGB2_VICFA LGB2_PHAVU LGB2_VIGUN 8. 下载玉米EST数据，构建本地BLAST数据库。以拟南芥转录因子数据库中Squomosa启动子结合蛋白SPL3或你熟悉的转录因子DNA结合区为种子序列，搜索玉米中可能和种子序列具有较高序列相似性的转录因子（E0.001）。写出操作步骤，并把结果填入下表。 (15分) Maize EST Database ID Length Score Identities(%) Similarities(%) Gaps(%) 9. 归纳总结SwissProt数据库中人血红蛋白序列注释信息。 （15分） 10．简述你正在研究或最感兴趣的基因或蛋白并从NCBI,EBI和ExPASy中获取相关信息 (15分) 名称 研究目的 进展情况 物种来源 生物学功能 表达特异性 PubMed编号(1-5篇) PMC编号(1-3篇) 综述编号(1-2篇) GenBank/EMBL编号 Swiss/TrEMBL编号 交叉链接数据库 序列特征