基于大规模平行测序构建连锁常染色体STR分型体系及同级亲缘关系鉴定的初探.pdfVIP

目 录 摘 要 I ABSTRACT IV 常用中缩写词英文对照表 VIII 前 言 1 1 材料与方法 3 1.1 材料3 1.2 样本收集4 1.3 分型体系的构建5 1.4 样本提取及定量6 1.5 文库构建与优化 8 1.6 文库质量检测分析 11 1.7 文库定量检测分析 12 1.8 大规模平行测序操作流程 12 1.9 单基因座扩增 13 1.10 生物信息和统计学数据的分析 14 1.11 模拟家系分类分数计算 15 1.12 数据统计分析 16 1.13 相关概念 17 2 结 果 18 2.1 STR 基因座筛选结果 18 2.2 目的片段引物设计结果23 2.3 文库质控32 2.4 测序参数结果32 2.5 检测体系的法医学评估39 2.6 法医学参数分析42 2.7 真实家系样本的连锁分析42 2.8 模拟家系的分类分数结果43 3 讨 论 44 4 结 论 49 参考文献 50 综 述 54 参考文献 61 致 谢 64 个人简历 65 山西医科大学硕士学位论文 基于大规模平行测序技术构建连锁常染色体STR 分型 体系及同级亲缘关系鉴定的初探 摘 要 目的： 目前，短串联重复序列（Short tandem repeat，STR）由于具有高多态性的特点，是法 医DNA 检测领域中个人识别和亲子鉴定主流的遗传标记。使用的大多数STR 商业试剂盒 中所包含独立STR 基因座在鉴定爷孙、叔侄和半同胞这三种同属二级的亲缘关系时，计算 得到的似然率是相同的，因此不能使用亲子鉴定的常用独立STR 基因座鉴定此类同级亲缘 关系的复杂亲缘关系鉴定。近年来，在同级亲缘关系的研究中，使用连锁常染色体STR 基 因座无论是在理论计算上还是通过构建基于毛细管电泳STR 分型技术都有相关研究，但是 仍然不能满足实际需求。大规模平行测序技术 （Massively parallel sequencing, MPS ）技术既 可检测大量 STR 基因座，又可分析多个DNA 样本。本研究基于MPS 构建了一个常染色 体连锁STR 基因座的分型体系，并建立一套MPS 测序数据的分析流程及方法，通过对体 系的法医学评估和群体遗传学及相关法医学参数的分析，并通过Merlin 软件模拟生成爷孙、 叔侄、半同胞和全同胞各10000 对亲缘关系对得到他们的分类分数，为复杂亲缘关系鉴定 领域中同级亲缘关系鉴定研究提供新的检测方法与初步研究的数据。 方法： ① MPS 体系的构建：按照一定的标准从Rutgers Map v3 遗传图谱中筛选出66 组173 个常染色体连锁STR 基因座，接下来在AIdesign 探针/ 引物设计平台上对STR 目的片段进 行引物设计且STR 基因座的片段长度范围在150bp~270bp 并开发多重PCR 靶向捕获扩增 的分型体系。 ② MPS 文库构建及测序：使用QIAamp® DNA Investigator 试剂盒提取 110 个北方汉 族无关个体血卡样本 DNA ，QIAGEN DNeasy Blood Tissue 试剂盒提取家系样本血液 I 山西医科大学硕士学位论文 DNA ，将DNA 样本使用MultipSeq® Custom Panel 试剂盒进行MPS 文库构建，使用Qubit 4.0 与QuantStudio 5 实时荧光定量PCR 仪对文库进行定量，并使用Qsep100 全自动核酸蛋 白分析系统进行文库的质量控制，最后将合格的文库在Illumina MiSeq FGx 测序平台上进 行测序。 ③ MPS 数据分析