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系统生物学的基本概念 张治洲 2006-2007  系统生物学面面观 吴家睿 系统理论和系统思想对于我国知识分子并不陌生。1980年代在 我国学术界曾经流行过“三论”—系统论、信息论和控制论, 其中的“系统论”是指奥地利科学家贝塔朗菲(L Bertalanffy)在1970年代创立的“一般系统论”( general system theory)。尽管贝塔朗菲是以生物学家的身份去思考、 研究并提出系统论的,但他的系统论并不仅仅适用于生命科学, 而且适用于物理学、心理学、经济学和社会科学等各门学科。 如果说过去所谈论的是指在哲学层面上的、普适性强的一般系 统论,那么本文所要介绍的系统生物学( systems biology), 则是生命科学研究领域的一门新兴学科。  作为人类基因组计划的发起人之一,美国科学家莱诺伊·胡德 ( Leroy Hood)也是系统生物学的创始人之一。在胡德看来, 系统生物学和人类基因组计划有着密切的关系。正是在基因组 学、蛋白质组学等新型大科学发展的基础上,孕育了系统生物 学。反之,系统生物学的诞生进一步提升了后基因组时代的生 命科学研究能力。正如胡德所说,“系统生物学将是21世纪医 学和生物学的核心驱动力”。基于这一信念,胡德在1999年年 底辞去了美国西雅图市华盛顿大学的教职,与另外两名志同道 合的科学家一起创立了世界上第一个系统生物学研究所 ( Institute for Systems Biology)。随后,系统生物学便逐 渐得到了生物学家的认同,也唤起了一大批生物学研究领域以 外的专家的关注。2002年3月,美国《科学》周刊登载了系统生 物学专集。该专集导论中的第一句话这样写道:“如果对当前 流行的、时髦的关键词进行一番分析,那么人们会发现,“系 统’高居在排行榜上。”  什么是系统生物学?根据胡德的定义,系统生物学是研究一 个生物系统中所有组成成分(基因、mRNA、蛋白质等)的构 成,以及在特定条件下这些组分间的相互关系的学科[1]。也 就是说,系统生物学不同于以往的实验生物学—仅关心个 别的基因和蛋白质,它要研究所有的基因、所有的蛋白质、 组分间的所有相互关系。显然,系统生物学是以整体性研究 为特征的一种大科学。  系统生物学的基本工作流程有这样四个阶段。首先是对选 定的某一生物系统的所有组分进行了解和确定,描绘出该 系统的结构,包括基因相互作用网络和代谢途径,以及细 胞内和细胞间的作用机理,以此构造出一个初步的系统模 型。第二步是系统地改变被研究对象的内部组成成分(如 基因突变)或外部生长条件,然后观测在这些情况下系统 组分或结构所发生的相应变化,包括基因表达、蛋白质表 达和相互作用、代谢途径等的变化,并把得到的有关信息 进行整合。第三步是把通过实验得到的数据与根据模型预 测的情况进行比较,并对初始模型进行修订。第四阶段是 根据修正后的模型的预测或假设,设定和实施新的改变系 统状态的实验,重复第二步和第三步,不断地通过实验数 据对模型进行修订和精练。系统生物学的目标就是要得到 一个理想的模型,使其理论预测能够反映出生物系统的真 实性。  系统生物学的灵魂—整合 作为后基因组时代的新秀,系统生物学与基因组学、蛋 白质组学等各种“组学”的不同之处在于,它是一种整合型大 科学。首先,它要把系统内不同性质的构成要素(基因、mRNA、 蛋白质、生物小分子等)整合在一起进行研究。系统生物学研 究所的第一篇研究论文,就是整合酵母的基因组分析和蛋白质 组分析,研究酵母的代谢网络。由于不同生物分子的研究难度 不一样,技术发展程度不一样,目前对它们的研究水平有较大 的差距。例如,基因组和基因表达方面的研究已经比较完善, 而蛋白质研究就较为困难,至于涉及生物小分子的代谢组分的 研究就更不成熟。因此,要真正实现这种整合还有很长的路要 走  对于多细胞生物而言,系统生物学要实现从基因到细胞、到组 织、到个体的各个层次的整合。《科学》周刊系统生物学专集 中一篇题为“心脏的模型化—从基因到细胞、到整个器官” 的论文,很好地体现了这种整合性。我们知道,系统科学的核 心思想是:“整体大于部分之和”;系统特性是不同组成部分、 不同层次间相互作用而“涌现”的新性质;对组成部分或低层 次的分析并不能真正地预测高层次的行为。如何通过研究和整 合去发现和理解涌现的系统性质,是系统生物学面临的一个带 根本性的挑战。  系统生物学整合性的第三层含义是指研究思路和方法的整合。 经典的分子生物学研究是一种垂直型的研究,即采用多种手段 研究个别的基因和蛋白质。首先是在DNA水平上寻找特定的基