12转录组学2 生物信息学PPT技术文档.pptxVIP

转录组学2;RNA-seq的分析方法;1.常用数据库;GEO;ArrayExpress;SRA;SRA;SRA;SRA;linux操作系统;linux操作系统;将sra文件转换成fastq格式;Fastq文件的质控(illumina平台为例);Fastq文件的质控(illumina平台为例);2.分析策略;From Chen et al. Science China Life Sciences. 2017.;From Chen et al. Science China Life Sciences. 2017.;2.分析策略;3.常用软件;工作原理;工作原理;3.常用软件;transcripts.gtf;计算基因表达量;RPKM与FPKM;3.常用软件;cuffcmp.tracking;RNA-seq的实例应用;RNA-seq的实例应用;1.Microarray与RNA-seq的比较;1.Microarray与 RNA-seq的比较;相关性系数;1.Microarray与RNA-seq的比较;1.Microarray与RNA-seq的比较;RT-qPCR;2.X连锁基因与常染色体基因的表达量比较;2.X连锁基因与常染色体基因的表达量比较;2.X连锁基因与常染色体基因的表达量比较;以常染色体基因为标准;2.X连锁基因与常染色体基因的表达量比较;计算X连锁基因与常染色体基因的比值;2.X