生物医学文本挖掘及其应用ppt参考课件.ppt

* * * * 内容 Swanson关联研究及其工具 Arrowsmith 的使用 Bitola的使用 用文献轮廓挖掘微阵列表达数据 Damien Chaussabel MedlineR * * 运用文献轮廓挖掘微阵列表达数据 Mining microarray expression data by literature profiling Damien Chaussabel MedlineR * * Damien ChaussabelAlan Sher Immunobiology Section, Laboratory of Parasitic Diseases, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20892, USA Genome Biology 2002, 3(10):RESEARCH0055. * * 目标 建立一种挖掘技术 该技术以对文献轮廓literature profiling的分析为基础 文献轮廓： 对于某一个主题（如某基因）而言，有相关文献集合 对于该基因的文献集合，分析某些单词在文摘中出现的频次。 * * GoDisease+iHOP+Cytoscape * * 发现：Discovery Besides finding relationships, text miners are also interested in discovering relationships Swanson：undiscovered public knowledge 【见例子1】 * * 文本挖掘的应用实例 Swanson关联研究及其工具 Arrowsmith 的使用 Bitola的使用 用文献轮廓挖掘微阵列表达数据 Damien Chaussabel MedlineR * * 背景与意义 发表文献 研究深入 知识分裂 fragmentation of scientific knowledge 文献量 穷经皓首并老死不相往来 * * Don R. Swanson的研究 跨学科间一定存在着潜在的未被发现的关联 文献间隐性的关联 如何发现隐性关联？ 寻找非相关互补性文献 text-based informatics literature-based discovery * * Don R. Swanson的研究 两种互补的文献： 一类文献（AB）：摄入A可能导致某种生理改变B 另一类文献（BC）：B作用于某种疾病C 即A作用于C。 两种非相关的文献： 两种文献从没有或很少被共同引用并且也不相互引用。 互补性和非相关性描述了在公开信息中存在着未被发现的有价值信息的模型结构。 * * Medline文献集合 Don R. Swanson的研究 潜在的联系 雷诺氏病 文献 食用鱼油 文献 血液粘稠度 红细胞脆性 血液粘稠度 红细胞脆性 * * 闭合式的知识发现 * * * * ARROWSMITH 3.0 * * 4822 * * * * * * * * Asthma famous？ * * 哮喘名人 * * SYK：脾酪氨酸激酶 * * SYK：脾酪氨酸激酶 过敏性鼻炎 Syk inhibitors as treatment for allergic rhinitis.?2008 【SYK抑制剂治疗过敏性鼻炎】 An intranasal Syk-kinase inhibitor (R112) improves the symptoms of seasonal allergic rhinitis in a park environment.?2005 【鼻内SYK抑制剂（R112）改善公园里过敏性鼻炎症状】 痛风 Crystal-induced neutrophil activation. IX. Syk-dependent activation of class Ia phosphatidylinositol 3-kinase.?2007 【晶体诱发的中性粒细胞活化：Ia类磷脂酰肌醇3激酶的SYK依赖性活化】 Crystal-induced neutrophil activation. VII. Involvement of Syk in the responses to monosodium urate crystals.?2001 【晶体诱发的中性粒细胞活化：SYK参与对尿酸钠晶体反应的程度】 * * 过敏性鼻炎—SYK—痛风 过敏性鼻炎 痛风 抑制剂 治疗 中性粒细胞活化 晶体 诱发 PI3K SYK * * *