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呼吸道合胞病毒新型表位的鉴定及免疫效果评估 第一部分呼吸道合胞病毒预防性肽疫苗的设计目的 : 尝试运用理论设计和分 子模拟技术确定和优化呼吸道合胞病毒的肽疫苗。方法 : 首先检索蛋白质晶体结 构数据库中呼吸道合胞病毒相关蛋白晶体结构数据和呼吸道合胞病毒中和抗体 - 识别肽段的复合物晶体结构数据。 后采用分子模拟 , 分析了中和抗体与表位肽间作用方式 ;通过分子动力学模 拟技术评估 FFL-001 抗原蛋白的各个部分对其稳定结构的作用及与中和抗体结 合的影响 ;通过理性设计优化得到抗原肽 , 并评估其与中和抗体的作用 ,最终通过 实验来验证其效果。结果:1.成功从蛋白质晶体结构数据库中获取 RSV F蛋白变 构前后高级结构晶体数据 ,抗体 Motavizumab 与其表位肽的共晶结构数据。 对 F 蛋白变构前后的高级结构分析可知 ,F 蛋白的结构中存在高级结构相 对稳定的肽段，该肽段受F蛋白变构影响较小。该肽段亦是已开发的 RSV中和抗 体的靶标。 结构和能量分析 Motavizumab-FFLsub0/sub01 作用表明 ,FFL-001 与 抗体Motavizumab的结合区仅局限于H2和H3螺旋连接转角区（氨基酸65-89）, 在此相互作用界面上 , 存在 9 个氢键和一条盐桥作用。 4. 分子动力学结果表明 , 完整FFL-001能在整个动力学模拟时段内能维持稳定的空间结构 ，而缺少H1螺旋 束的FFLsub0/sub01的结构出现明显变构;H2和H3螺旋连接转角区（即 Motavizumab结合位点肽段（氨基酸65-89））肽段结构只有其N端的一小段螺旋 结构维持着，而其C-端和中间的氨基酸序列呈完全的无序状态。 能量评估显示,全长的FFL-001产生的结合能△ Gtotal为-23.6kcal/mol; 其中可分解为FFL-001与Motavizumab有益作用能△ Gint=-110.8kcal/mol, 和不 益的去溶剂化作用△ Gslv=71.5kcal/mol以及一部分较弱的熵惩罚作用-T △ S=15.7kcal/mol;双螺旋束H2-H3和Motavizumab结合位点肽段与完整的 FFL-OO1相比呈现出完全不同能量变化；在与Motavizumab结合时,这两个肽段出 现了较大的熵惩罚（-T △ S分别为47.2和27kcal/mol ）和不利的去溶剂化作用 （△ Gslv 分别为 52.6 和 58.8kcal/mol ）。双螺旋束 H2-H3 的厶 Gtotal 为 3.4kcal/mol,Motavizumab 结合位点肽段的△ Gtotal 为-7.9kcal/mol。 对 Motavizumab 结合位点肽段进行截断和环化处理 , 能量评估显示不同的 环化位点对于环肽与Motavizumab的结合产生较大影响；其中与Motavizumab结 合表现最好的环化肽,命名为环化PV2;它与Motavizumab的亲和能△ Gtotal值达 -21.2kcal/mol 。实验结果亦显示,经人工合成环肽PV2与Motavizumab亦具有较 强的亲和力（Kd为16.2n M ）。 结论:1.FFL-001中与Motavizumab直接作用的肽段（氨基酸 65-89 ）与F 蛋白中空间结构相对稳定的肽段的序列相一致。 2. 不同长度截断得到的含与 Motavizumab直接作用部位的肽段经环化后的环肽与抗体 Motavizumab亲和力存 在明显的差异。 环肽PV2与Motavizumab亲和力最好,与FFL-001相当。3.实验验证环化 PV2 确实能与抗体 Motavizumab 产生较强的作用。 第二部分呼吸道合胞病毒 F 蛋白基因克隆及原核表达目的 : 得到全长 RSV F 蛋白 , 用于免疫小鼠和后续免疫效果评估。 方法 : 首先通过培养宿主细胞扩增 RSV 病毒,提取病毒的基因后,通过反转录PCR及 PCF技术克隆RSV F蛋白的基因,后 将克隆到RSV勺F蛋白基因克隆至原核表达质粒 p ET-28a多克隆位点中；得到重 组质粒 p ET-28a-F 导入大肠杆菌 BL21 中, 并通过异丙基硫代半乳糖苷（ IPTG） 诱导进行原核表达。 最后通过Ni2+亲和层析纯化重组的F蛋白。结果:1.病毒基因组经反转录后 得到的c DNA为模板，经PCF扩增,成功克隆得到RSV勺F蛋白基因。 琼酯糖凝胶电泳检测结果显示，其序列总长约为1700bp,与预期相一致。后 经测序鉴定序列正确。 在一定浓度IPTG的诱导下,重组大肠杆菌成功地表达目的蛋白,经 SDS-PAG检测,目的蛋白大小约为70k D左右,与理论值相符。3.重组F蛋白经 大肠杆菌大量表达后，经Ni2+亲和层析纯化后，得到纯度非常高的重组F蛋