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生物序列的相似性搜索 blast简介及其应用 005年3月 生物信息学常见的应用与软件 口序列数据的保存格式与相关数据库资源 口在数据库中进行序列相似性搜索 口多序列比对 口进化树构建与分子进化分析 口 Motif的寻找与序列的模式识别 口RNA二级结构,蛋白质二、三级结构的预测 口基因芯片的数据分析 内容提要 1.基本概念 相似性,同源性 2 Blast介绍 Blas资源和相关问题 3Bast的应用 网络版,单机版 4深入了解 blast(改进程序,算法基础) 5.其他的序列相似性搜索工具( fasta) 生物序列的相似性 相似性( similarity): 是指一种很直接的数量关系,比如部 分相同或相似的百分比或其它一些合适 的度量。比如说,A序列和B序列的相似 性是80%,或者4/5。这是个量化的关 系。当然可进行自身局部比较。 生物序列的同源性 同源性( homology): 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋 白质序列具而共同祖先的结论,属于质的 判断。就是说A和B的关系上,只有是同 源序列,或者非同源序列两种关系。而说 A和B的同源性为80%都是不科学的。 相似性和同源性关系 序列的相似性和序列的同源性有一定的关系, 般来说序列间的相似性越高的话,它们是同源序 列的可能性就更高,所以经常可以通过序列的相 似性来推测序列是否同源。 正因为存在这样的关系,很多时