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灰葡萄孢菌核形成相关基因的挖掘和功能研究 目录 摘要 i ABSTRACT iii 缩略词表 vi 第一章 文献综述1 1 灰葡萄孢和植物灰霉病1 1.1 灰葡萄孢及其经济重要性1 1.2 灰葡萄孢的生活史与病害循环3 1.3 灰葡萄孢的致病机理研究5 1.3.1 灰葡萄孢的侵染结构6 1.3.2 灰葡萄孢的致病因子7 1.3.3 灰葡萄孢致病过程中的信号调控13 2 灰葡萄孢的菌核及形成机理14 2.1 菌核的结构与功能14 2.2 灰葡萄孢的菌核形成相关因子16 2.2.1 菌核形成相关的环境因子16 2.2.2 菌核形成相关的信号转导通路18 3 灰霉病的防治18 3.1 化学防治18 3.2 农业防治19 3.3 生物防治19 4 枯草杆菌蛋白酶类似蛋白酶的研究进展20 4.1 枯草杆菌蛋白酶类似蛋白酶家族概况21 4.2 枯草杆菌蛋白酶类似蛋白酶在病原真菌中的研究进展21 5 研究目的与意义22 第二章 灰葡萄孢转录组测序及分析23 1 材料与方法23 1.1 试验材料23 I 华中农业大学2020 届博士学位论文 1.1.1 试验菌株23 1.1.2 试验试剂和仪器23 1.2 试验方法23 1.2.1 灰葡萄孢菌核形成相关样品的总RNA 提取23 1.2.2 灰葡萄孢菌核形成相关测序文库的构建24 1.2.3 测序数据预处理25 1.2.4 测序Reads 比对到灰葡萄孢基因组及差异表达基因的筛选25 1.2.5 差异表达基因的层次聚类分析25 1.2.6 差异表达基因的功能富集分析25 2 结果与分析26 2.1 转录组测序样品收集26 2.2 Illumina RNA-Seq 测序数据质量评估27 2.3 灰葡萄孢差异基因的检测27 2.4 差异基因功能富集分析30 2.4.1 DEGs 的GO 功能分析30 2.4.2 DEGs 的Pathway 通路分析33 3 结论与讨论36 第三章 部分差异表达基因的敲除及其生物学功能的初步探究38 1 材料与方法38 1.1 试验材料38 1.1.1 试验菌株38 1.1.2 培养基和试剂38 1.2 试验方法40 1.2.1 灰葡萄孢基因组DNA 的提取40 1.2.2 灰葡萄孢总RNA 的提取40 1.2.3 第一链cDNA 的合成40 1.2.4 实时荧光定量PCR （Quantitative Real-time PCR, qRT-PCR ）41 1.2.5 灰葡萄孢基因的敲除策略42 1.2.6 灰葡萄孢原生质体制备43 II 灰葡萄孢菌核形成相关基因的挖掘和功能研究 1.2.7 PEG 介导灰葡萄孢原生质体转化44 1.2.8 灰葡萄孢敲除转化子的验证策略45 1.2.